347 داتلاشماس پولاتتىن ياسالغان تۇرۇبا خىمىيىلىك تەركىب ، ئۆز-ئارا ئۇلانغان ئاممىۋى سپېكترى (CLMS) ئارقىلىق رومان ئىنتېرفېرونغا ئىنكاس قايتۇرىدىغان ئىنسانلارنىڭ ئاق قان ھۈجەيرىسى ئانتىگېن- A (HLA-A) ساپېرون ئاقسىلىنى پەرقلەندۈرۈش.

Nature.com نى زىيارەت قىلغىنىڭىزغا رەھمەت.سىز چەكلىك CSS قوللىشى بىلەن توركۆرگۈ نۇسخىسىنى ئىشلىتىۋاتىسىز.ئەڭ ياخشى تەجرىبە ئۈچۈن يېڭىلانغان تور كۆرگۈچنى ئىشلىتىشىڭىزنى تەۋسىيە قىلىمىز (ياكى Internet Explorer دىكى ماسلىشىشچان ھالەتنى چەكلەڭ).ئۇنىڭدىن باشقا ، داۋاملىق قوللاشقا كاپالەتلىك قىلىش ئۈچۈن ، ئۇسلۇب ۋە JavaScript بولمىغان تور بېكەتنى كۆرسىتىمىز.
تام تەسۋىردە ھەر بىر تام تەسۋىردە ئۈچ ماقالە كۆرسىتىلىدۇ.كەينى ۋە كېيىنكى كۇنۇپكىلارنى ئىشلىتىپ تام تەسۋىردىن يۆتكىڭ ياكى ئاخىرىدا تام تەسۋىر كونترول كۇنۇپكىسى ئارقىلىق ھەر بىر تام تەسۋىردىن ئۆتۈڭ.

مەھسۇلات چۈشەندۈرۈشى

داتلاشماس پولات 347L كاتەكچە تۇرۇبىسى ، پولات دەرىجىسى: SS347L

ئىنتېرفېرون سىگنال سىستېمىسى مۇھىتتىن كەلگەن كۆپ خىل كېسەللىك قوزغاتقۇچى ۋە ئىچكى كېسەللىك سىگنالىغا كۈچلۈك سىتوكېن ئىنكاسىنى قوزغايدۇ ، نەتىجىدە ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان ئاقسىلنىڭ تارماق قىسمىنىڭ پەيدا بولۇشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ.بىز DSS ۋاسىتىلىك ئۆز-ئارا ئۇلىنىش ئاممىۋى سپېكترى (CLMS) نى ئىشلىتىپ ، ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان ئاقسىل دائىرىسىدىكى يېڭى ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىرلىرىنى بايقىدۇق.مۆلچەردىكى ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان ئاقسىلدىن باشقا ، بىز يەنە MX1 ، USP18 ، OAS3 ۋە STAT1 قاتارلىق كانون ئارىلىقىدىكى ئۆز ئارا تەسىر كۆرسىتەلمەيدىغان ئاقسىلنىڭ رومان ئارىلىقىدىكى ۋە ئومۇرتقا ئارىلىقتىكى ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك خۇرۇچلارنى ئېنىقلىدۇق.بىز HLA-A ئاقسىلى (H2BFS-HLA-A-HMGA1) ئارقىلىق شەكىللەنگەن ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان ئاقسىل تورىنىڭ ئۆزلۈكىدىن دەلىللىنىشىگە ئەھمىيەت بېرىپ ، ئورتاق ئىممۇنىتېت يوقىتىش ئارقىلىق مولېكۇلا دىنامىك مودېلى ئارقىلىق تېخىمۇ ئىلگىرىلىگەن ھالدا تەتقىق قىلدۇق.ئاقسىلنىڭ ماسلىشىشچان ھەرىكەتچانلىقىنى مودېل قىلىش CLMS تەتقىقاتىدا بايقالغان ئۆز-ئارا تەسىرنى ئەكىس ئەتتۈرىدىغان بىر قانچە ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان تور بېكەتلەرنى ئاشكارىلىدى.بىز بىرلىكتە CLMS نىڭ سىناق تەتقىقاتىنى ئوتتۇرىغا قويۇپ ، ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقارغان يېڭى سىگنال بىرىكمىلىرىنى ئېنىقلايمىز ، ھەمدە CLMS نى تېخىمۇ كەڭ كۆلەمدە ئىشلىتىپ ، ئۆسمە مىكرو مۇھىتىدىكى ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشىنى ئۈمىد قىلىمىز.
ماسلىشىشچان ئىممۇنىتېت ئىنكاسى باشلىنىشتىن بۇرۇن ، ساھىبجامالنىڭ تۇغما مۇداپىئە سىستېمىسى ئىنتېرفېرون (IFNs) دەپ ئاتىلىدىغان مەخپىي ئالفا-خىلىتلىق سىتوكېن ئائىلىسى مۇرەسسە قىلغان مىكروبقا قارشى ئىنكاس پەيدا قىلىدۇ.I IFN تۈرلىرى IFNα ۋە IFNβ ھۈجەيرىلەرنىڭ ئىنكاسىنى قوزغىتىدۇ ، ۋىرۇسقا قارشى تۇرۇش ، كۆكرەك پەردىسىگە قارشى تۇرغۇچى ، كۆكرەك پەردىسى ياللۇغى ۋە قىزىتما ياندۇرۇش دورىسى قاتارلىقلار.ئىنسانلاردا ، IFNα نىڭ 13 خىل تىپى بار ، ھەممىسى خروموسومغا توپلانغان 91. ھەيران قالارلىقى ، پەقەت IFNα2 كلىنىكىلىق ئىشلىتىش ئۈچۈنلا تەتقىق قىلىنغان.يېقىندا ، IFNα نىڭ باشقا تارماق تىپلىرى تەتقىقاتىغا ئالاھىدە ئەھمىيەت بېرىلدى.يېقىنقى تەتقىقاتتا كۆرسىتىلىشچە ، IFNα14 قانون IFNα2 تارماق تىپىغا سېلىشتۇرغاندا HBV2 ۋە HIV-13,4 كۆپەيتىشنى چەكلەشتىكى ئەڭ ئۈنۈملۈك ئىزفورملارنىڭ بىرى.
ئاكتىپلانغان I تىپلىق ئىنتېرفېرون قوبۇل قىلغۇچى قوبۇللاش سىستېمىسى (IFNAR1 ۋە IFNAR2) Janus kinase TYK2 ۋە JAK15,6 ۋاستىچى ئارقىلىق سىگنال يەتكۈزۈش كاسسىسىنى قوزغىتىدىغانلىقى بېكىتىلدى.بۇ Janus kinase فوسفورلۇق سىگنال تارقاتقۇچى ۋە تىروزىن قالدۇقىدىكى ترانسكرىپسىيەلىك ئاقسىل ئاكتىپلىغۇچىلار (STAT1 ۋە STAT2) SH2 دائىرە ئارقىلىق ۋاسىتىلىك گېرودېرمېرلىشىشنى قوزغىتىدۇ.ئۇنىڭدىن كېيىن ، IRF9 STAT گېرودېرمېرنى باغلاپ ، IFN غىدىقلانغان ئامىل 3 گېنى (ISGF3) نىڭ ئۈچ ئۆلچەملىك مۇرەككەپ ماددىسىنى شەكىللەندۈرىدۇ ، بۇ يادرو يادروغا يۆتكىلىدۇ ۋە 2000 دىن ئارتۇق ئىنتېرفېرون غىدىقلانغان گېن (ISG) نىڭ تىرانسكرىپسىيەسىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ.
ISGs تۇغما ئىممۇنىتېت سىستېمىسىنىڭ ئومۇرتقىسىنى شەكىللەندۈرىدۇ ، بولۇپمۇ ۋىرۇسنىڭ ھۇجۇمىغا تاقابىل تۇرۇش.ۋىرۇسلارنىڭ يۇقۇملىنىشىدىن مۇداپىئەلىنىشنىڭ بىرىنچى سېپى بولۇش سۈپىتى بىلەن ، ھۈجەيرىلەر ھۈجەيرە ئاقسىلىنىڭ كەڭ دائىرىلىك بىئولوگىيىلىك پائالىيەتلىرى بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشىنى تېزلىكتە ئورۇنلاشتۇرىدۇ.بۇ ئاقسىللار مودېل تونۇش قوبۇللىغۇچ ، سىگنال مولېكۇلاسى ، ترانسكرىپسىيە ئامىلى ۋە ۋىرۇسقا قارشى بىۋاسىتە رولى بار ئاقسىللارنى ، شۇنداقلا ئىممۇنىتېت ئىنكاسىنىڭ پاسسىپ تەڭشىگۈچلىرىنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ.ISG پائالىيىتىگە ئائىت نۇرغۇن ئۇچۇرلار ھەددىدىن زىيادە بېسىم ئېكرانى 10،11 ياكى گېننى جىمىقتۇرۇش تېخنىكىسى (siRNA, RNAi ۋە CRISPR) ئارقىلىق 12،13 دىن پايدىلىنىپ ئىقتىدار خاراكتېرلىك ئېكراندىن كەلگەن بولۇپ ، ئايرىم ISG لار ئىپادىلىنىدۇ ياكى چەكلىنىدۇ ۋە ئۇلارنىڭ پائالىيىتى ھەر خىل ۋىرۇسلاردا سىناق قىلىنىدۇ.گەرچە بۇ تەتقىقاتلار يەككە ISG لارنىڭ ۋىرۇسقا قارشى خۇسۇسىيىتىنى بەلگىلىگەن بولسىمۇ ، ئەمما ھەر بىر ISG نىڭ ئاساسىي مولېكۇلا مېخانىزىمى ئاساسەن نامەلۇم.نۇرغۇن ئاقسىللارنىڭ بىر ياكى بىر نەچچە سىتوكېن بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىپ ، تولۇق پائالىيەتكە كاپالەتلىك قىلىدىغانلىقى ئادەتتە قوبۇل قىلىنىدۇ ، شۇڭا ISGs بىۋاسىتە ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدۇ ياكى ئۇلارنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشى ھۈجەيرە ئاقسىلى ئارقىلىق ۋاسىتە بولىدۇ.مەسىلەن ، يېقىندا سۈرەتكە تارتىلغان ئاقسىل تەتقىقاتى ATPase VCP / p97 نىڭ ئاساسلىق IFITM3 ئۆز-ئارا ھەمكارلاشقۇچىسى ئىكەنلىكىنى ئېنىقلاپ چىقتى ، ئۇلارنىڭ چەكلىنىشى ۋىرۇس زەررىچىلىرى بىلەن IFITM3 نىڭ لىزوسومنى رەتلەش ، ئايلىنىش ۋە كوترانسپورتىدىكى كەمتۈكلۈكنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ.ئىممۇنىتېتنىڭ تۆۋەنلىشىدىن پايدىلىنىپ ، قان تومۇرغا مۇناسىۋەتلىك ئاقسىل VAPA نى خولېستېرىن ئارقىلىق ۋىرۇسنىڭ يېتىلىشىنى ۋاسىتە قىلىدىغان IFITM1 / 2/3 بىلەن ئۆز-ئارا ھەمكارلاشقۇچى دەپ ئېنىقلىدۇق ، بۇ ئېچىتقۇ ئىككى ئارىلاشما سىستېما ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلغان يەنە بىر تەتقىقات ئارقىلىق ئىسپاتلاندى.ئىلمىي قوللاش 15 ، 16.
يۇقۇملىنىشنى تىزگىنلەش ۋە يامان سۈپەتلىك ئۆزگىرىشنى ئۆز ئىچىگە ئالغان نېگىزلىك بىئولوگىيىلىك جەريان ئانتىگېننىڭ كۆرسىتىلىشى بولۇپ ، ئۇ ئاساسلىق تارىيىشچانلىقى مۇرەككەپ (MHC) مولېكۇلالىرى ئارقىلىق ۋاسىتە قىلىنغان.پېپتىدلار (ئۇزۇنلۇقى 8-12 ئامىنو كىسلاتاسى) يېپىشقاق ، مۇددەتتىن بۇرۇن ئاخىرلاشقان ياكى خاتا قاچىلانغان ئاقسىلدىن MHC-I گېرودېرمېرغا قاچىلانغان (MHC-I ئېغىر ۋە يېنىك زەنجىردىن تەركىب تاپقان ، β-2- مىكروبلوبىن ؛ β2M) 17،18.نەتىجىدە مۇقىم بولغان MHC-I بېزەكلىرى ھۈجەيرە يۈزىگە توشۇلىدۇ ، ئۇلار CD8 + T ھۈجەيرىسىگە (سىتاتسىكسىك T ھۈجەيرىسى) ھۈجەيرە ئىچىدىكى پېپتىدلارنى كۆرسىتىدۇ.T ھۈجەيرىلىرى بۇ خىل كېسەللىك قوزغاتقۇچى ۋە ئۆسمىگە خاس ئانتىگېن توشۇغۇچى ھۈجەيرىلەرنى تونۇيدۇ ۋە يوقىتىدۇ.نەتىجىدە ، كېسەللىك قوزغاتقۇچى ۋە ئۆسمە ھۈجەيرىلىرى دائىم ئانتىگېننى كۆرسىتىش جەريانىنى بېسىپ ، ئىممۇنىتېتنى نازارەت قىلىشتىن ساقلىنىدۇ.بۇنىڭدىن باشقا ، MHC-I ئىنسانلارنىڭ ئۆسمىسىنىڭ% 40-% 90 ىدە كونترول قىلىنغان بولۇپ ، كۆپىنچە ناچار مۆلچەر بىلەن مۇناسىۋەتلىك.
كېسەللىك قوزغاتقۇچىغا ئىنكاس قايتۇرۇشقا قاتناشقان گېنلار چوقۇم ئارام ئېلىش ھالىتى بىلەن ئاكتىپ كۆچۈرۈلگەن ھالەتنى تېز ئالماشتۇرۇشى كېرەك.شۇڭلاشقا ، بىر نەچچە ھۈجەيرە ئاقسىلى قىسقا ۋاقىت ئىچىدە IFN نىڭ يۇقىرى ئېھتىياجىغا ئىنكاس قايتۇرۇشقا چېتىشلىق دەپ پەرەز قىلىنغان بولۇپ ، تەشۋىق قىلغۇچى خرومتىن 20،21 نى ئۆزگەرتىش ۋە ئۆزگەرتىش قاتارلىقلارنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ.كۆپىنچە تەتقىقاتلار IFN نىڭ ئالدىدا يەككە ISG ئاقسىل ھەمراھىنى پەرقلەندۈرۈشكە مەركەزلەشتى.مودېل ھۈجەيرە سىستېمىسىدىكى بىر قانچە ئاقسىل ۋە ترانسكرىپومىيىلىك تەتقىقات IFN نىڭ ھۈجەيرە مەنزىرىسىگە بولغان تەسىرىنى چۈشەندۈرۈپ بەردى.قانداقلا بولمىسۇن ، ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقارغان ھەرىكەت كۈچىگە بولغان چۈشەنچىمىز كۈنسېرى كۈچىيىۋاتقان بولسىمۇ ، بىز يەنىلا ISG لارنىڭ قاتنىشىشىنى بىلمەيمىز.ئىنتېرفېرون سىگنالىنىڭ مۇرەككەپلىكى ۋە ۋاقىتقا باغلىق ھەرىكەتچانلىقىنى ئويلاشقاندا ، مۇنداق ئىككى سوئال پەيدا بولىدۇ: (1) تېز سىگنال بېرىشكە قاتناشقان كۆپ ئاقسىللىق مۇرەككەپ ماددىلارنى مۇقىملاشتۇرۇش ۋە قاپلاش مۇمكىنمۇ ، (2) بۇ ئۆز-ئارا تەسىرلەرنى 3D بوشلۇققا سىزىشقا بولامدۇ؟
بۇ مەسىلىلەرنى ھەل قىلىش ئۈچۈن ، بىز دىففىنسىمىند مېدىتسىنا ئارقىلىق ۋاسىتىلىك خىمىيىلىك ئۆز-ئارا ئۇلىنىش (DSS) نى ماسسىسى سپېكترى (CLMS) بىلەن بىرلەشتۈرۈپ ، IFNα كەلتۈرۈپ چىقارغان ئاقسىل ئۆز-ئارا تەسىر تورى ۋە ئۇنىڭ ھەرىكەتچانلىقىنى تەتقىق قىلدۇق.DSS vivo دىكى ئاقسىلنىڭ يېقىن قالدۇقلىرى ۋە ياكى ئاقسىللار ئارىسىدىكى قويۇق باغلىنىشنى قوشىدۇ.كېيىنكى MS تەھلىلى مەلۇم بىر ئاقسىل ئىچىدىكى رايونلارنىڭ بوشلۇقتىكى يېقىنلىقىنى ئەكس ئەتتۈرىدىغان ئالاھىدە ئۆز-ئارا ئۇلىنىش تور بېكەتلىرىنى ئاشكارىلىدى ، بۇ ئۆز-ئارا باغلىنىش دەپ ئاتىلىدۇ ياكى ئاقسىل توپلىمىدىكى تارماق تارماقلار ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك دەپ ئاتىلىدۇ.بۇ خىل ئۇسۇلنى قوللانغاندا ، بىز بىر نەچچە رومان ئاقسىل-ئاقسىل توپلىمى شۇنداقلا ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان كۆپ خىل ئاقسىل ئۆز-ئارا تەسىر تورىنى ئېنىقلىدۇق.بۇ يېڭى ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ بىر قىسمىنى يەنىمۇ سىناش ئارقىلىق ، بىز H2BFS (H2B گىستون تىپىدىكى FS ؛ تۆۋەندە H2B دېيىلىدۇ) ۋە MDN1 نىڭ HLA-A ئۈچۈن چەكلەش كۈچى سۈپىتىدە رولىنى ئوينايدىغانلىقىنى كۆرسىتىمىز.
Flo-1 ھۈجەيرىسى قىزىلئۆڭگەچ ئۆسمىسىنىڭ ئاساسلىق ئالاھىدىلىكلىرىگە تەقلىد قىلىنغانلىقتىن ، قىزىلئۆڭگەچ خاراكتېرلىك كۆكرەك پەردە ئۆسمىسى ۋىرۇسىنىڭ ئەڭ داڭلىق مودېللىرىنىڭ بىرى.قانداقلا بولمىسۇن ، ئۆسمىنىڭ ھەممىسى ئىممۇنىتېت كۈچىگە ئىگە ئەمەس ، Flo-1 ھۈجەيرىسىنىڭ ئىنتېرفېرون داۋالاشقا ئىنكاس قايتۇرىدىغان ياكى ئىنكاس قايتۇرمايدىغانلىقىنى ئېنىقلاش ئۈچۈن ، بىز Flo-1 ھۈجەيرىسىنى 10 ng / ml IFNα بىلەن 72 سائەت داۋالىدۇق.Flo-1 ھۈجەيرىلىرى pSTAT1 ۋە IRF1 نىڭ بالدۇر كىرگۈزۈلگەنلىكىنى كۆرسىتىپ بەردى ، داۋالاشتىن 2 سائەت كېيىن 72 سائەت داۋاملاشتى ، IRF1 نىڭ تۇراقلىق سەۋىيىسىنىڭ ۋاقىتقا باغلىق تۆۋەنلىشى (1A رەسىم).ISGs (MX1, IFITM1, OAS1 / 2 ۋە ISG15) 6 سائەتتىن كېيىن كۈچلۈك قوزغىتىلغانلىقى ، IFNα غا بولغان كلاسسىك ئوتتۇرا ۋە ئاخىرقى باسقۇچتىكى ئىنكاسلارغا تەقلىد قىلىنغانلىقى بايقالدى (1A رەسىم).بۇ سانلىق مەلۇماتلار بۇ ھۈجەيرە مودېلىنىڭ ئىنتېرفېرون ئىنكاسىنى تەتقىق قىلىشقا ئىشلىتىلىدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
IFNα داۋالاشتىن كېيىن Flo-1 ھۈجەيرىسىدىكى ئوخشىمىغان ئاقسىل ئىپادىلەش ئىنكاسى.(A) Flo-1 ھۈجەيرىسىدىكى ئاقسىلنىڭ ئىپادىسى 10 ng / ml IFNα بىلەن 2 ، 6 ، 24 ، 48 ۋە 72 سائەتتە بىر تەرەپ قىلىنغان بولۇپ ، كۆرسىتىلگەن ISG ئانتىتېلاسى ئارقىلىق ئىممۇنىتېت سىستېمىسى تەرىپىدىن ئانالىز قىلىنغان.(2) Coomassie كۆك رەڭلىك داغلانغان SDS-PAGE گېلى پۈتۈن ھۈجەيرە جەۋھىرىنىڭ DSS بىلەن ئۆز-ئارا ئۇلانغاندىن كېيىن كۆرسىتىلگەن ۋاقىت ۋە قويۇقلۇقى.(3) ۋەكىل ئىممۇنىتېت سىستېمىسى ئوخشاش ئەۋرىشكىلەردىن p53 (DO-1) ئانتىتېلاسى بىلەن تەكشۈرۈلۈپ ، ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا ئۇلىنىش دەرىجىسىنى باھالىدى.
نەق مەيداندىكى ئاقسىل ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىش مەنزىرىسىنى ئىگىلەش ئۈچۈن ، بىز DSS نى ئىشلەتتۇق ، ئۇنىڭ پەردىنىڭ ئۆتكۈزۈشچانلىقى يۇقىرى ، ئىنكاس ۋاقتى بىر قەدەر قىسقا بولغانلىقتىن ، كەڭ قوللىنىلغان ئۆز-ئارا ئۇلىنىش ۋاكالەتچىسى.ئىنكاسنىڭ قىسقا بولۇشى ئۆز-ئارا ئۇلانغان ئاقسىلنىڭ چوڭ توپلىنىشىنىڭ ئالدىنى ئالىدۇ ، بۇ ئارقىلىق ئۆز-ئارا ئۇلىنىشنىڭ مۇقىملىقىنى ساقلايدۇ.ئەڭ ياخشى DSS قويۇقلۇقىنى ئېنىقلاپ ، ئۆز-ئارا گىرەلىشىپ كېتىشتىن ساقلىنىش ئۈچۈن ، بىز ئالدى بىلەن ھۈجەيرىلەرنى ئايرىم-ئايرىم ھالدا 5 ، 10 ، 5 ۋە 30 مىنۇتتا 5 ، 2.5 ۋە 1 mM DSS بىلەن ئاشكارىلىدۇق ۋە Coomassie داغلانغان SDS-PAGE نىڭ لىماتلىرىنى ئانالىز قىلدۇق. (سانلىق مەلۇمات كۆرسىتىلمەيدۇ).ھۈجەيرە لىماتلىرى ئەڭ تۆۋەن قويۇقلۇقتا ۋە ئەڭ قىسقا ۋاقىتتا ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىكدەك قىلىدۇ.شۇڭلاشقا ، DSS 5 مىنۇتتا 1 ، 0.5 ۋە 0.1 mM دەپ ئاتالغان (1B رەسىم).ئەڭ ياخشى ئۆز-ئارا ئۇلىنىش 0.5 mM DSS بىلەن 5 مىنۇت كۆزىتىلدى ، بۇ شەرتلەر IFNα بىلەن بىر تەرەپ قىلىنغان ھۈجەيرىلەر ئۈچۈن تاللاندى.بۇنىڭدىن باشقا ، 1C رەسىمدە ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا ئۇلىنىش دەرىجىسىنى باھالاش ئۈچۈن p53 (DO-1) ئانتىتېلاسى ئارقىلىق ئىشلەنگەن غەرب توپى كۆرسىتىلدى.
Flo-1 ھۈجەيرىلىرى 10 ng / ml IFNα بىلەن 24 سائەت بىر تەرەپ قىلىندى.ئۆز-ئارا ئۇلانغان ھۈجەيرىلەر كېيىن ئىككى باسقۇچلۇق ئاقسىل تەرىپىدىن لايلانغان ۋە ئاقسىل FASP تەرىپىدىن بىر تەرەپ قىلىنغان (2-رەسىم) 24,25.ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك تىرىپتىك پېپتىدلار ئاممىۋى سپېكترى ئارقىلىق ئانالىز قىلىنغان (2-رەسىم).ئاندىن MS / MS سپېكترى ئاقسىل تەرتىپىگە ماسلاشتۇرۇلۇپ ، MaxQuant 26،27 بىلەن مىقدارلاشقان.SIM-XL پروگراممىسى ئارقىلىق ئېرىشكەن سپېكترىدىن ئۆز-ئارا ئۇلانغان پېپتىدلار ئېنىقلانغان بولۇپ ، يەككە بىرىكمىلەر xQuest28 ۋە SIM-XL29 ئوچۇق كودلۇق ھېسابلاش يۇمشاق دېتالى ئارقىلىق مۇرەككەپ تورغا بىرلەشتۈرۈلگەن (2-رەسىم).SIM-XL ئاددىي ياكى مۇرەككەپ ئاقسىل ئارىلاشمىسىدىكى ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشى ، ئىچكى زەنجىر ۋە يەككە زەنجىرنى پەرقلەندۈرىدۇ ۋە ئاقسىل قۇرۇلمىسىدىكى ئۆز-ئارا تەسىرنى تەسۋىرلەش ئۈچۈن ئورگىنال بىلەن تەمىنلەيدۇ.ئۇنىڭدىن باشقا ، ئۇ MS / MS29 سپېكترى سۈپىتىگە ئاساسەن ھەر بىر ھالقىسىنى كىملىك ​​نومۇرى قىلىپ تىزىدۇ.بىر نەچچە ئىشەنچلىك ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشى ۋە مۇرەككەپلىكى ئېنىقلاندى ، مولېكۇلا دىنامىكىسى (MD) مودېلى ئارقىلىق مۇرەككەپ ئىممۇنىتېتلاش ۋە ماسلىشىشچان ئۆزگىرىشتىن پايدىلىنىپ يېڭى بىر يۈرۈش ئۆز-ئارا تەسىرلەر يەنىمۇ ئىلگىرىلىگەن ھالدا تەكشۈرۈلدى.
CLMS ئۇسۇلىنىڭ سىخېما ئومۇمىي ئەھۋالى.Flo-1 ھۈجەيرىلىرى 10 ng / ml IFNα بىلەن 24 سائەت بىر تەرەپ قىلىنغاندىن كېيىن ، DSS ئارقىلىق نەق مەيداندىكى ئاقسىل ئۆز-ئارا ئۇلانغاندىن كېيىن ھۈجەيرە لىمزىسى ۋە تىرىپسىنلاشتۇرۇلدى.ئۆز-ئارا ئۇلانغان ئەۋرىشكەلەر Orbitrap ماسسىسى سپېكترى ئارقىلىق ئانالىز قىلىنغان ۋە LC-MS / MS دەۋرىدە پېپتىد ئالدى پۈركۈش پارچىلىرى ئۈچۈن تېخىمۇ ئەۋرىشكە ئېلىنغان.ئېرىشىلگەن سپېكترىدىن ھالقىغان پېپتىد (SIM-XL) پروگراممىسىنىڭ Spectrum تونۇش ماشىنىسى ئارقىلىق ئىككى ئۇلانغان پېپتىد ئېنىقلانغان بولۇپ ، بارلىق بىرىكمىلەر ھېسابلاش تۇرۇبىسى ئارقىلىق مۇرەككەپ تورغا بىرلەشتۈرۈلگەن.يالغان ئاكتىپ نىسبىتى (FDR) نومۇرىغا ئاساسەن تۆۋەن ئىشەنچ ئۆز-ئارا تەسىرنى سۈزۈڭ.بىر نەچچە يېڭى يۇقىرى ئىشەنچلىك ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشى ئۆز-ئارا ئىممۇنىتېت يوقىتىش ئارقىلىق تېخىمۇ جەزملەشتۈرۈلۈپ ، مولېكۇلا دىنامىكىسى (MD) مودېل ئارقىلىق مۇرەككەپ ئۆزگىرىشلەر تەكشۈرۈلدى.
MaxQuant ئارقىلىق غىدىقلانمىغان ۋە غىدىقلانغان IFNα ئەۋرىشكىسىدە جەمئىي ~ 30،500 ~ ~ 28،500 پېپتىد بايقالدى (قوشۇمچە جەدۋەل S1 ، 3A رەسىم).ھەر ئىككى ئەھۋالدا پېپتىدنىڭ ئۇزۇنلۇقىنىڭ تارقىلىشى تېخىمۇ چوڭ پېپتىدلارنىڭ نىسبىتىنى كۆرسىتىپ بەردى ، بۇ ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك پېپتىدلارنىڭ بارلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ (3B ، C).بۇنىڭدىن باشقا ، تېخىمۇ چوڭ پېپتىدلارنىڭ IFNα دا ئىشلىتىلگەن ئەۋرىشكىسىدىكى 40-55 ئارىلىقىدا بار (3C رەسىم).Log2 نىڭ كۈچلۈكلۈكىگە قارشى ئاقسىلنىڭ خەرىتىسىدە كۆرسىتىلىشچە ، MX1 ، IFIT1 / 3 ، OAS2 / 3 ، DDX58 ۋە HLA-F قاتارلىق كلاسسىك ئىنتېرفېرون غىدىقلانغان ئاقسىللار بىر تەرەپ قىلىنمىغان ئەۋرىشكە بىلەن سېلىشتۇرغاندا ئەڭ مول بولغان.رېئاكتور يولى سانلىق مەلۇمات ئامبىرىنى ئىشلىتىپ IFNα داۋالاشقا قارىتا ئاقسىلنىڭ ئۈچ ھەسسىدىن ئارتۇق بېيىغان يول ئانالىزىدا كۆرسىتىلىشىچە ، MHC-I ۋاسىتىچى ئانتىگېننى تونۇشتۇرۇش ۋە بىر تەرەپ قىلىش ئەڭ ئاساسلىق يول بولغان (3E رەسىم).ئىلگىرىكى دوكلاتلارغا ماس ھالدا ، OAS ۋە ISG15 مۇرەسسە قىلغان ۋىرۇسقا قارشى ئىنكاسلار شۇنداقلا IFNα / β ۋە سىتوكىن سىگنالى ئاكتىپلانغان يوللارنىڭ بىرى.بۇنىڭدىن باشقا ، SIM-XL ئارقىلىق ئەسلى سېتىۋېلىنغان MS / MS سپېكترىدىن لىزىن ۋە سېرېنغا خاس ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا ئۇلىنىشى ئېنىقلانغان.يېقىنقى تەتقىقاتتا 104 ISG نىڭ 9 ۋىرۇس سىنىپىدىن 20 ۋىرۇسنى ئۆز ئىچىگە ئالغانلىقى ، 5 خىل ھۈجەيرە تىپىدىكى يەككە ISG ھەددىدىن زىيادە بېسىم قىلىش تەتقىقاتىنى مېتا ئانالىز قىلىش ئارقىلىق دوكلات قىلىنغان.قانداقلا بولمىسۇن ، چوڭ سانلىق مەلۇمات سانلىق مەلۇماتلىرىنى تەكشۈرۈشنىڭ ھېسابلاش چەكلىمىسىنى يېڭىش ئۈچۈن ، بىز كىچىكرەك سانلىق مەلۇمات سانلىق مەلۇمات ئامبىرىدىن باشلاپ ، Padaria قاتارلىقلار دوكلات قىلغان IRDS گېنى تىزىملىكى ئارىسىدىكى ئۆز-ئارا تەسىر ئۈستىدە ئىزدىنىشنى باشلىدۇق ، ئۇلارنىڭ كۆپىنچىسى ISG.
IFNα غا قارىتا ئوخشىمىغان ئىپادىلەنگەن ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئاقسىللارنى پەرقلەندۈرۈش (MaxQuant دىن ئېرىشكەن سانلىق مەلۇمات).(1) IFNα14 دا بىر تەرەپ قىلىنغان ۋە بىر تەرەپ قىلىنمىغان Flo-1 ئەۋرىشكىسىدە بايقالغان كۆپ ئۇچرايدىغان ۋە ئالاھىدە پېپتىدلارنىڭ سانىغا ۋەكىللىك قىلىدىغان ۋېن دىئاگراممىسى.پېپتىدنىڭ ئۇزۇنلۇقى تەقسىملەنمىگەن (B) ۋە IFNα بىر تەرەپ قىلىنغان (C) ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئەۋرىشكە.(D) بىر تەرەپ قىلىنمىغان ۋە IFNα14 بىر تەرەپ قىلىنغان Flo-1 ھۈجەيرىسى ئارىسىدىكى log2 (LFQ كۈچلۈكلۈك) گە ۋەكىللىك قىلىدىغان ئىسسىقلىق خەرىتىسى.سول تەرەپتە IFNα نىڭ ئالدىدا ئاكتىپلانغان ئاقسىللار كۆرسىتىلدى.(5) IFNα داۋالاشتىن كېيىنكى 20 چوڭ بېيىش يولىغا ۋەكىللىك قىلىدىغان گىستوگرام.Reactome يولى سانلىق مەلۇمات ئامبىرى تەڭشەلگەن IFNα ئىنكاسچان ئاقسىلنىڭ تۆت ھەسسىسىدىن ئارتۇق ئۆزگىرىشىنى تەھلىل قىلدى.
ئىنتېرفېرون ئارقىلىق ۋاسىتە قىلىنغان ISG غىدىقلاشنىڭ ھۆججەتلىرى ناھايىتى ياخشى ، ئەمما مولېكۇلا سەۋىيىسىدە بۇ ئاقسىللارنىڭ قانداق قىلىپ كۆپ خىل بىئولوگىيىلىك ئىقتىدارلاردا ئاخىرلىشىدىغانلىقىنى چۈشىنىشكە بولمايدۇ.بىز داڭلىق ISG لار ئارىسىدىكى يۇقىرى دەرىجىدىكى ئىشەنچ بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشىنى تەكشۈردۇق.قىزىقارلىق يېرى ، بىز MX1 ، USP18 ، ROBO1 ، OAS3 ۋە STAT1 ئاقسىللىرىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان بىر تورنى ئېنىقلاپ چىقتۇق ، بۇ IFNα داۋالاشقا قارىتا چوڭ بىر مۇرەككەپ شەكىل ھاسىل قىلىدۇ (4-رەسىم ، S2 جەدۋەل) 32،33،34.ئەڭ مۇھىمى ، بۇ ئۆز-ئارا تەسىرلەر IFNα بىلەن بىر تەرەپ قىلىنغان ئۈچ خىل شەكىلدە بايقالغان ۋە بىر تەرەپ قىلىنمىغان ئەۋرىشكىلەردە تېپىلمىغان ، بۇ ئۇلارنىڭ IFNα داۋالاشقا قارىتا مەخسۇس شەكىللەنگەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.مەلۇمكى ، STAT1 ترانسكرىپسىيە ئارقىلىق بۇ ISG لارنىڭ ئىپادىسىنى تەڭشەيدۇ ، ئەمما ئۇنىڭ ئاقسىل سەۋىيىسىدىكى ISG بىلەن بولغان ئالاقىسى تەتقىق قىلىنمىدى.STAT1 نىڭ خرۇستال قۇرۇلمىسى شۇنى ئىسپاتلىدىكى ، ئۇنىڭ تىك دائىرە (CCD) دىمېر شەكىللىنىش جەريانىدا DNA ياكى پروتومېرلار بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسەتمەيدۇ.بۇ α- خىلىتلار ئۆز-ئارا تەسىر پەيدا قىلىدىغان گىدروفىللىق يەر يۈزى بىلەن تەمىنلەيدىغان 35 خىل خىلىتلىق قۇرۇلما ھاسىل قىلىدۇ.CLMS سانلىق مەلۇماتلىرىمىزدا ، STAT1 بىلەن بولغان كۆپىنچە ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ CCD ، ئۇلىنىش دائىرىسى ياكى C تېرمىنال قۇيرۇقى (قالدۇق 700-708) دىن بۇرۇنقى SH2 ساھەسىدە يۈز بەرگەنلىكىنى كۆردۇق (4A رەسىم).ئالدىنقى تەتقىقاتتا USP18 نىڭ STAT2 نىڭ CCD ۋە DNA باغلاش دائىرىسى (DBD) بىلەن باغلىنىدىغانلىقى ۋە I تىپلىق ئىنتېرفېرون قوبۇللىغۇچىسى IFNAR2 نىڭ تارماق ئەترىتىگە قوبۇل قىلىنىدىغانلىقى ، 24-نومۇرلۇق سىگنالنىڭ توسقۇنلۇققا ئۇچرىغانلىقىنى مۇرەسسە قىلىدىغانلىقى كۆرسىتىلدى.سانلىق مەلۇماتلىرىمىز يەنە USP18 كاتالىزاتورلۇق ساھەنىڭ STAT1 DBD (4A ، D رەسىم) بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بەردى ، بۇ STAT1 ۋە STAT2 نىڭ USP18 نى IFNAR2 غا جەلپ قىلىش رولىنى ئوينايدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بەردى.
IFNα ئارقىلىق بىر تەرەپ قىلىنغان ھۈجەيرىلەردە ئاقسىل-ئاقسىل ISG تورى ئېنىقلاندى..ئوخشىمىغان كىملىكتىكى دائىرە ئۇلارنىڭ رەڭگىگە بەلگە قويۇلغان: MX1 دائىرە ، Dynamin_N (73-2249) ، Dynamin_M (259-547) ۋە GED (569-660).OAS3 دائىرە: OAS1_C (160-344) ، OAS1_C (559-745) ، NTP_transf_2 (780-872) ، OAS1_C (903-108).دائىرە ROBO1 ، Ig_3 (67-151) ، I يۈرۈش (170-258) ، I يۈرۈش (262–347) ، Ig_3 (350-432) ، Ig_3 (454 - 529) ، fn3 (562 - 646) ، fn3 (678–758) ۋە fn3 (777–864).STAT1 ساھەسى: STAT_int (2 - 120) ، STAT_alpha (143 - 309) ، STAT_bind (321 - 458) ، SH2 (573 - 657) ۋە STAT1_TAZ2bind (715 - 739).()ھالقىما چەك چېكى 3.5 قىلىپ بېكىتىلدى.چېكىتلىك پىلانلار MAT1 (C) ، USP18 (D) ، ROBO1 (E) ۋە OAS3 (F) بىلەن STAT1 ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان تور بېكەتلەرنى ، شۇنداقلا ئىككى پېپتىد ئارىسىدىكى K ياكى S ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان ئورۇنلارنى كۆرسىتىدۇ.رەسىمدە ، ھالقىما نومۇر چېكى 3.0 قىلىپ بېكىتىلدى.()STAT1 (pdb id: 1bf533) ۋە OAS3 (pdb id: 4s3n34).) پروگرامما.
USP18 نىڭ ئىككى خىل ئىفورممىسى ئىنسانلاردا تەسۋىرلەنگەن بولۇپ ، يادرودا ئاساسلىقى ئۇزۇنلۇقتىكى ئاقسىل بار ، N تېرمىنالى بولمىغان ئىفورمور ، USP18-sf سىتوپلازما ۋە 36 يادرودا تەكشى تەقسىملىنىدۇ.بۇنىڭدىن باشقا ، N تېرمىنالىنىڭ قۇرۇلمىغانلىقى پەرەز قىلىنغان بولۇپ ، ئىزوپېپتىزا پائالىيىتى ياكى ISG1537 باغلاشنى تەلەپ قىلمايدۇ.تەتقىقاتىمىزدا بايقالغان ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ كۆپىنچىسى ئاقسىلنىڭ N تېرمىنالىغا جايلاشقان بولۇپ ، بۇ ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى USP18 نى ئۆز ئىچىگە ئالىدىغانلىقىنى (4A ، D رەسىم) ، شۇڭا يادرودا يۈز بېرىشى مۇمكىنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.ئۇنىڭ ئۈستىگە ، بىزنىڭ سانلىق مەلۇماتلىرىمىز يەنە N تېرمىنالىنىڭ ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشى ئۈچۈن ئالاھىدە ئىكەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.IFNAR2 باغلاش ئورنى 312-368 قالدۇقلار ئارىسىغا جايلاشقان ، دىققەت قىلىشقا ئەرزىيدىغىنى ، مۇرەككەپ ئاقسىللارنىڭ ھېچقايسىسى بۇ رايونغا باغلانمايدۇ (4A رەسىم) 37،38.بىللە ئېلىنغان بۇ سانلىق مەلۇماتلار IFNAR2 باغلاش دائىرىسىنىڭ پەقەت قوبۇل قىلغۇچى ئاقسىل تەرىپىدىن ئىشلىتىلىدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.بۇنىڭدىن باشقا ، پەقەت OAS3 ۋە ROBO1 نىڭ N- تېرمىنال ۋە IFNAR2 باغلاش ئورنىنىڭ يۇقىرى ئېقىمىدىكى دائىرە بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئىكەنلىكى بايقالغان (4A رەسىم).
ROBO1 تارقىلىشچان سىگنال مولېكۇلاسىنىڭ ئىممۇنىتېتلىق ئىممۇنىتېت سىستېمىسىغا تەۋە بولۇپ ، تاشقى ھۈجەيرە رايونىدىكى بەش Ig دائىرىسى ۋە ئۈچ تال تالا ھۈجەيرىسى (Fn) دىن تەركىب تاپقان.بۇ تاشقى ھۈجەيرە دائىرىسىدىن كېيىن پەردىگە يېقىن رايون ۋە يەككە تارقىلىشچان helix 39. قۇرۇلمىغان ھۈجەيرە ھۈجەيرىسى C تېرمىنالىغا جايلاشقان بولۇپ ، ئاقسىلنىڭ باغلىنىشىنى ۋاسىتە قىلىدىغان ساقلانغان تەرتىپ نەقىشلىرى بار.ئامىنو كىسلاتا ~ 1100 دىن 1600 گىچە سوزۇلغان رايون ئاساسەن تەرتىپسىز.بىز MX1 نىڭ Ig, Fn ۋە ھۈجەيرە ئىچىدىكى دائىرە ئارقىلىق ROBO1 بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر قىلىدىغانلىقىنى بايقىدۇق ، ھالبۇكى STAT1 بىلەن كۆپىنچە ئۆز-ئارا تەسىر ئۇنىڭ CCD ، ئۇلىنىش دائىرىسى ۋە ROBO1 نىڭ C تېرمىنالى ئارىسىدا يۈز بېرىدۇ (4A ، E رەسىم).يەنە بىر جەھەتتىن ، DI ، DIII ۋە OAS3 ئۇلاش رايونلىرى بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر قىلىش ROBO1 ئاقسىلىنىڭ ھەممىسىگە تارقىتىلدى (4A رەسىم).
ئولىگوئادېننىلات بىرىكمىسى (OAS) ئاقسىل ئائىلىسى ھۈجەيرە ئىچىدىكى قوش لىنىيىلىك RNA (dsRNA) نى قوبۇل قىلىدۇ ۋە باغلايدۇ ، ماسلىشىشچان ئۆزگىرىشلەرنى باشتىن كەچۈرىدۇ ۋە 2 ′ ، 5 ′ ئۇلانغان ئولىگوئادېننىت (2-5 As) 40 نى بىرىكتۈردى.ئۈچ OAS ئىچىدە ، OAS3 نىڭ dsRNA غا بولغان ئەڭ يېقىنلىقىنى نامايان قىلىدىغانلىقى ۋە ئەڭ ئاز مىقداردا 2-5 As بىرىكتۈرۈلگەنلىكى بايقالغان ، بۇ RNase L نى قوزغىتالايدۇ ۋە شۇ ئارقىلىق ۋىرۇسنىڭ كۆپىيىشىنى چەكلەيدۇ.OAS جەمەتى پولىمېرازا بىتا (pol-β) غا ئوخشاش يادرونى يۆتكەش دائىرىسىدىن تەركىب تاپقان.ئىلگىرىكى تەتقىقاتلاردا كۆرسىتىلىشچە ، C تېرمىنال دائىرە (DIII) نىڭ كاتالىزاتورلۇق پائالىيىتى OAS342 نىڭ قوزغىتىلىشى ئۈچۈن dsRNA باغلاش دائىرىسى (DI) غا باغلىق.بىز OAS3 نىڭ DI ۋە DII ساھەلىرىنىڭ CCD ۋە SH2 بىلەن STAT1 TAD ئارىسىدىكى كىچىك ئۇلىنىش رايونى بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقىنى كۆردۇق (4A رەسىم ، F).ئاقسىل قۇرۇلمىسىدىكى ئوخشىمىغان ئۇلىنىش تور بېكەتلىرىنى قاپلىغاندا β جەدۋەل بىلەن DBD STAT1 ھالقىسى ۋە OAS3 نىڭ DI ساھەسىدىكى 60-75 قالدۇقلار ئارقىلىق شەكىللەنگەن ئوچۇق يانچۇق ياكى كاۋاكنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقىنى ئاشكارىلىدى (4G رەسىم).مۇرەككەپ ئاقسىلنىڭ يۆنىلىشى يەنە OAS3 بىلەن بولغان ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ ھېچقايسىسىنىڭ DI ساھەسىنىڭ DNA باغلاش ئىقتىدارىغا دەخلى قىلمىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بەردى (S1A رەسىم).بۇنىڭدىن باشقا ، GTPase MX1 نىڭ N تېرمىنال دائىرىسى OAS3 نىڭ DI ۋە DIII ساھەلىرى بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدۇ (4A رەسىم).بىز يەنە IFNα بىر تەرەپ قىلىنغان ئۈچ تەكرارلىنىشنىڭ ھەممىسىدە OAS1 بىلەن MX1 ئوتتۇرىسىدىكى ئۆز-ئارا تەسىرنى كۆردۇق ، بۇ يەردە يەككە OAS1 تور نامى (كاتالىزاتورلۇق ئاكتىپ) ئۈچ MX1 ساھەنىڭ ھەممىسى بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسەتتى (S2A ، B رەسىم).
MX ئاقسىلى دېنىنغا ئوخشاش GTPase چوڭ ئائىلىسىنىڭ بىر قىسمى بولۇپ ، ئۇنىڭدا GTP نى باغلايدىغان ۋە ھىدرولىزلاشتۇرىدىغان N تېرمىنال GTPase تور دائىرىسى بار ، ئۆزلۈكىدىن قۇراشتۇرۇشنى ۋاسىتە قىلىدىغان ئوتتۇرا دائىرە ۋە GTPase (LZ) رولىنى ئوينايدىغان C تېرمىنال ئاقسىلى. ).دائىرە ئۈنۈمدار دائىرە 25،43.MX1 ۋىرۇسلۇق پولىمېرانىڭ تارماق قىسمىغا باغلىنىپ ، ۋىرۇس گېنىنىڭ يۆتكىلىشىنى توسىدۇ.ئىلگىرى خەۋەر قىلىنغان ئېچىتقۇ ئىككى خىل ئارىلاش ماتورلۇق ئېكراندا كۆرسىتىلىشچە ، PIAS1 بىلەن مۇناسىۋەتلىك MX1 DNA باغلاش پائالىيىتىنى توسۇش ئارقىلىق STAT1 ۋاسىتىچى گېننىڭ ئاكتىپلىنىشىنى چەكلەيدۇ ، شۇنداقلا SUMO E344,45 لىگاس پائالىيىتى بار.بۇ يەردە ، بىز MX1 نىڭ STAT1 بىلەن باغلىنىدىغانلىقىنى كۆرسىتىمىز (4C رەسىم ، D) ، ئەمما بۇ ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ IFNα غا قارىتا STAT1 ۋاسىتىچى گېننىڭ ئاكتىپلىنىشىغا قانداق تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقى تېخىمۇ ئىلگىرىلىگەن ھالدا تەتقىق قىلىشقا موھتاج.ئۇنىڭدىن باشقا ، بىز يەنە MX1 نىڭ IFNα بىر تەرەپ قىلىنغان ئۈچ تەكرارلاشنىڭ ھەممىسىدە IFIT3 ۋە DDX60 بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسەتكەنلىكىنى بايقىدۇق (S2C رەسىم).
DDX60 بولسا IFN كەلتۈرۈپ چىقارغان سىپوپلازما شەكىللىك خىلىت بولۇپ ، ئىلگىرى ۋىرۇس RNA46 نىڭ RIG-I مۇستەقىل بۇزۇلۇشىدا رول ئوينايدىغانلىقى خەۋەر قىلىنغان.ئۇ RIG-I بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىپ ، سىگنالنى لەگلەك شەكلىدە قوزغىتىدۇ 46. DDX60 DEXD / H-Box helicase دائىرىسى ۋە ۋىرۇسلۇق RNA ۋە DNA47 نى باغلايدىغان C تېرمىنال helicase ساھەسىدىن تەركىب تاپقان.ئۇنىڭ MX1 ۋە IFIT3 بىلەن بولغان ئالاقىسىنىڭ كۆپىنچىسى ئۇزۇن N- ۋە C تېرمىنال رايونلىرىدا يۈز بېرىدۇ ، قانۇنىيەتلىك دائىرە ياكى نەقىش يوق (S2E ، F).قانداقلا بولمىسۇن ، MX1 يەنە DEXD / H-Box helicase دائىرە بىلەن مۇناسىۋەتلىك (رەسىم S2E).IFIT جەمەتىدىكى ئاقسىللارنىڭ تېتراپېپتىد تەكرارلاش (TPR) دەپ ئاتىلىدىغان ئالاھىدە خېلىكس ئايلىنىش بۇرۇلۇش مودىسىنىڭ ماس قەدەملىك نۇسخىسى بار.IFIT3 نىڭ RIG-I سىگنالىنىڭ مۇسبەت تەقلىدلىگۈچىسى ئىكەنلىكى ، شۇڭا MAVS گۇرۇپپىسىنىڭ تەركىبىي قىسمى ئىكەنلىكى بايقالدى.ئومۇملاشتۇرغاندا ، سانلىق مەلۇماتلىرىمىز IFIT3 بىلەن DDX60 نىڭ ئاساسلىقى IFIT3 نىڭ TPR 3-6 ئارىلىقىدىكى رايوندا ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقىنى ۋە RIG-I / MAVS سىگنالىدا رول ئوينايدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ (S2F رەسىم).
پۈتكۈل ئاقسىلنى تەكشۈرۈشنىڭ ھېسابلاشچانلىقى كۈچلۈك ئىكەنلىكىنى كۆزدە تۇتۇپ ، ئاندىن بىز پۈتكۈل UniProt سانلىق مەلۇمات ئامبىرىنى IFNα دا بىر تەرەپ قىلىنغان تەكرارلاشنىڭ بار-يوقلۇقىنى تەكشۈردۇق.بۇ كۆپەيتىلگەن نۇسخىدا بىز HLA-A ئۈچۈن بىر قانچە ئىشەنچلىك ئۆز-ئارا تەسىر تورىنى تاپتۇق.MS / MS سپېكترى تەرىپىدىن ئېنىقلانغان ئاقسىل يولىنى ئانالىز قىلىش نەتىجىسىدە كۆرسىتىلىشىچە ، MHC-I نى ئاساس قىلغان ئانتىگېن پىششىقلاپ ئىشلەش ۋە تونۇشتۇرۇش ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقارغان ئاساسلىق يول (3D رەسىم).شۇڭلاشقا ، بىز بارلىق ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئەۋرىشكىلەرگە بولغان ئىشەنچ دەرىجىسى يۇقىرى بولغان MHC-I مولېكۇلاسىنىڭ ئاقسىل ئۆز-ئارا تەسىرلىرىنى تەتقىق قىلىشقا ئەھمىيەت بەردۇق.HLA α1 ، α2 ۋە α3 دائىرە ۋە يېنىك زەنجىردىن تەركىب تاپقان ، مىكروبلوبىن β2 (β2m) دائىملىق ساپېرون ئاقسىلى 49.بالىياتقۇ ئىچكى پەردىسى تور پەردىسىگە قۇراشتۇرۇلغاندىن كېيىن ، HLA پېپتىد قېتىشمىسى بولمىغان ئەھۋالدا تۇراقسىز بولىدۇ.پېپتىد باغلاش ئېغىزى يۇقىرى كۆپ شەكىللىك ۋە قۇرۇلمىغان α1 ۋە α2 ساھەلىرىنىڭ پېپتىدسىز شەكىلدە ۋە بىر قەدەر ئاز بولغان كۆپ شەكىللىك α351 ساھەسىدە شەكىللەنگەن.IFNα نىڭ ئالدىدا ، بىز ئىككى HLA-A مۇرەككەپلىكىنى بايقىدۇق: بىرى HMGA1 ۋە H2B (5-رەسىم ، S3 جەدۋەل) ، يەنە بىرى MDN1 ، LRCH4 ۋە H2B بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدۇ (6-رەسىم).
IFNα H2B (H2BFS) ۋە HMGA1 بىلەن HLA-A ئۆز-ئارا تەسىر تورىنى قوزغىتىدۇ...ئوخشىمىغان كىملىكلەرنىڭ دائىرىسى كودلاشتۇرۇلغان 32: H2B (گىستون ؛ 2-102) ۋە MHC-I (MHC_1; 25–203 ، C1 گۇرۇپپا ؛ 210-290 ۋە MHC_I_C; 337-364).ھالقىما چەك چېكى 3.5 قىلىپ بېكىتىلدى.چېكىتلىك پىلانلار HLA-A نىڭ H2B (B) ۋە HMGA1 (C) بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان تور بېكەتلەرنى ، شۇنداقلا ئىككى پېپتىد ئارىسىدىكى K ياكى S ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان ئورۇنلارنى كۆرسىتىدۇ.رەسىمدە ، ھالقىما نومۇر چېكى 3.0 قىلىپ بېكىتىلدى.(4) PyMOL پروگراممىسىدىكى H2B ، HLA-A ۋە HMGA1 ئاقسىللىرىنىڭ قۇرۇلمىسىدا كۆرسىتىلگەن ئاقسىللار ئوتتۇرىسىدىكى مۇناسىۋەت.بۇ قۇرۇلمىلار Phyre2 مۇلازىمېتىرى (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2) ئارقىلىق مودېل قىلىنغان ، H2B ، HLA-A ۋە HMGA1 ئاقسىلىنىڭ قېلىپ قۇرۇلمىسى ئايرىم-ئايرىم ھالدا 1kx552 ، 1kj349 ۋە 2eze55.
IFNα H2B (H2BFS) ، MDN1 ۋە LRCH4 بىلەن HLA-A ئۆز-ئارا تەسىر تورىنى قوزغىتىدۇ.(A) 2D ئۆز-ئارا خەرىتە (SIM-XL يۇمشاق دېتالىدا ھاسىل قىلىنغان) MDN1 چەمبەر شەكلىدە ئىپادىلەنگەن ئۆز-ئارا ماسلاشتۇرۇلغان (قىزىل) ۋە ئۆز-ئارا (كۆك) ئۆز-ئارا ئۇلىنىش.ھالقىما چەك چېكى 3.5 قىلىپ بېكىتىلدى.ئوخشىمىغان كىملىكلەرنىڭ دائىرىسى كودلاشتۇرۇلغان 32: H2B (گىستون; LRR_8 (137–194) ۋە CH (535–641)).(2) PyMOL پروگراممىسىدىكى H2B ، HLA-A ، LRCH4 ۋە MDN1 ئاقسىللىرىنىڭ قۇرۇلمىسىدا كۆرسىتىلگەن ئاقسىللار ئوتتۇرىسىدىكى مۇناسىۋەت.بۇ قۇرۇلمىلار Phyre2 مۇلازىمېتىرى (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2) ئارقىلىق H2B ، HLA-A ، LRCH4 ۋە MDN1 ئاقسىلى ئۈچۈن 1kx552 ، 1kj349 ، 6hlu62 ۋە 6i2665 قېلىپ قۇرۇلمىسى بىلەن مودېل قىلىنغان. ئايرىم ھالدا.H2B (C) ، LRCH4 (D) ۋە MDN1 (E) بىلەن HLA-A نىڭ K ياكى S ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان تور بېكەتلىرى.پىلانلارغا نىسبەتەن ھالقىما نومۇر چېكى 3.0 قىلىپ بېكىتىلدى.
گېننىڭ پۈتۈنلۈكىنى ساقلاشتىن باشقا ، گىستون H2B تىرانسكرىپسىيەنى تەڭشەشكە قاتناشقان.H2B ئاقسىلى ئايلانما شەكىل بىلەن ئايرىلغان ئۈچ α- ھېلىس ۋە C تېرمىنال قۇيرۇقى 41،52 دىن تەركىب تاپقان مەركىزى گىستون دائىرىسى (HFD) دىن تەركىب تاپقان.H2B بىلەن بولغان ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ كۆپىنچىسى α1 helix دە يۈز بېرىدۇ ، بۇ HFD گېرودېرمىر بىلەن ۋاقىتنى كىچىكلىتىدۇ (رەسىم 5A ، B).گەرچە لىزېنلار DNA باغلاشقا قاتناشقان بولسىمۇ ، ئەمما بىر قىسىم لىزىنلار يەنە ئاتسېتىلسىيە ياكى مېتىللىنىش ئورنى.مەسىلەن ، H2B دىكى K43 ، K46 ۋە K57 قالدۇقلىرى بىۋاسىتە DNA باغلاشقا قاتناشمايدۇ ، ئەمما ترانسكرىپسىيەدىن كېيىنكى ھەرخىل ئۆزگەرتىشلەرنىڭ نىشانى 53.ئوخشاشلا ، H2B دىكى K44 ، K47 ۋە K57 قالدۇقلىرى IFNα نىڭ ئالدىدا باشقا ئاقسىللار بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ. (5A ، B).ئۇنىڭدىن باشقا ، تاشقى ھۈجەيرە ئۆسمىسى H2B ھەر خىل ھۈجەيرە تىپلىرىدىكى ئىممۇنىتېت ئىنكاسىنى قوزغىتىپ ، سىتوسوللۇق سېنزور رولىنى ئويناپ ، يۇقۇملانغۇچى ياكى بۇزۇلغان ھۈجەيرىلەردىن ھاسىل بولغان قوش لىنىيىلىك DNA (dsDNA) پارچىلىرىنى بايقىيالايدۇ.DNA ۋىرۇسى ئالدىدا ، H2B نىڭ خورىشى IFN-β ئىشلەپچىقىرىش ۋە STAT154 فوسفورلىنىشنى چەكلىدى.H2B يەنە باشقا يادرولۇق گىستونلارغا قارىغاندا يادروغا تېز كىرىپ-چىقىدىغانلىقى مەلۇم.تاللانغان بىر تەرەپ قىلىنمىغان ئەۋرىشكىلەردە H2B نىڭ MDN1 ۋە LRCH4 بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشىمۇ كۆرۈلگەن.بىز HLA-A نىڭ IFNα بىر تەرەپ قىلىنغان ئۈچ ئەۋرىشكىنىڭ ھەممىسىدە ۋە بىر تەرەپ قىلىنمىغان تەكرار ئەۋرىشكىدە H2B بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسەتكەنلىكىنى بايقىدۇق.بۇ سانلىق مەلۇماتلار H2B نىڭ تىرانسكرىپسىيەنى تەڭشەشتىن باشقا قوشۇمچە فىزىئولوگىيىلىك ئىقتىداردىكى رولىنى ئەكىس ئەتتۈرىدۇ.
HMGA1 (يۇقىرى ھەرىكەتچان گۇرۇپپا AT-Hook 1) ، كېسەللىكنى ئىلگىرى سۈرىدىغان ئامىنو كىسلاتاسى مول بولغان كىچىك يادرو ئاقسىلى HLA-A بىلەن بىرلىشىپ ئېنىقلاندى.ئۇنىڭ كىسلاتالىق C تېرمىنال قۇيرۇقى ۋە AT قارماق دەپ ئاتىلىدىغان ئۈچ خىل ئالاھىدە DBD بار ، چۈنكى ئۇلار dsDNA55,56 دىكى AT مول رايوننىڭ كىچىك ئۆستەڭگە تۇتىشىدۇ.بۇ باغلىنىش DNA نىڭ ئېگىلىشىنى ياكى تۈزلىنىشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ ، بۇنىڭ بىلەن كانون تىرانسكرىپسىيە ئامىلىنىڭ ئورتاق تونۇش تەرتىپىگە ئېرىشەلەيدۇ.C تېرمىنال قۇيرۇقى ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشى ۋە ترانسكرىپسىيە ئامىلىنى قوبۇل قىلىشقا چېتىلىدۇ دەپ قارىلىدۇ ، چۈنكى C تېرمىنالنى يوقىتىش ئۆزگەرتكۈچى كۆچۈرۈشنى قوزغىتالمايدۇ.ئۇنىڭ ئۈستىگە ، بۇ دائىرە بىر قانچە ساقلانغان فوسفورلۇق تور بېكەتلەرنى ئۆز ئىچىگە ئالىدۇ ، بۇلار كىنازا 58 نىڭ تارماق ئېلېمېنتى.بىز C تېرمىنال دائىرىسىنىڭ سىرتىدىكى HMGA1 بىلەن HLA-A ۋە H2B ئۆز-ئارا تەسىرنى كۆزىتتۇق ، C تېرمىنال دائىرىسىنىڭ ئاساسلىقى ترانسكرىپسىيە ئامىلىنى باغلاشقا ئىشلىتىلىدىغانلىقىنى چۈشەندۈردۇق (رەسىم 5A ، C).HMGA ئاقسىلى گىستون H1 بىلەن ماسلاشتۇرغۇچنىڭ DNA نى باغلاش ئۈچۈن رىقابەتلىشىدۇ ، شۇ ئارقىلىق زىيارەت قىلىشچانلىقى 57.ئوخشاشلا ، HMGA گىستون H1B بىلەن رىقابەتچى DNA نى بويلاپ گىستون H2B بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسەتكەندەك قىلىدۇ.HMGB1 ھەزىم قىلىش ھۈجەيرىسىدە HLA-A, -B ۋە -C نىڭ ئىپادىلىنىشىنى قوزغاپ ، ئۇلارنىڭ ئاكتىپلىنىشىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ 59 ، ئەمما HMG بىلەن HLA نىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشى ئىلگىرى خەۋەر قىلىنمىغان.بىز HMGA1 نىڭ HLA-A نىڭ α1 ۋە α3 ساھەلىرى بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر قىلىدىغانلىقىنى ، كۆپىنچە 3 DBD نىڭ سىرتىدىكى ئۆز-ئارا تەسىر قىلىدىغانلىقىنى بايقىدۇق (5A ، C رەسىم).بىزنىڭ قولىمىزدا HLA-A نىڭ يادرودا يەرلىكلەشتۈرۈلگەنلىكى بايقالدى (سانلىق مەلۇماتلار كۆرسىتىلمىدى) ، H2B ۋە HMGA1 نىڭمۇ يادرودا ئىكەنلىكىنى نەزەردە تۇتقاندا ، بۇ ئۆز-ئارا تەسىر بەلكىم يادرودا يۈز بېرىشى مۇمكىن.H2B ، HLA-A ۋە HMGA1 ئارىلىقىدا ئۆلچەنگەن كونكرېت خۇرۇچلار 5D رەسىمدە كۆرسىتىلدى.
HLA-A نىڭ باشقا ئاقسىللار بىلەن بولغان كۆپىنچە ئۆز-ئارا تەسىرلىرى ئۇنىڭ α1 ۋە α2 ساھەلىرى ۋە تەرتىپسىز C تېرمىنال دائىرىسىدە بولىدۇ (6-رەسىم).بۇ مىساللارنىڭ بىرىدە بىز HLA-A نىڭ LRCH4 نىڭ قالايمىقانلاشقان N تېرمىنال قۇيرۇقى بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر قىلىدىغانلىقىنى بايقىدۇق (6A ، D رەسىم).LRCH4 TLR4 قوزغىتىش ۋە LPS سىتوكېن ئىندۇكسىيەسىنى تەڭشەيدۇ ، بۇ ئارقىلىق تۇغما ئىممۇنىتېت ئىنكاسى 60،61.ئۇ پەردە ئاقسىلى بولۇپ ، توققۇز خىل ئاقسىل مول قايتىلىنىش (LRRs) ۋە ئېكتودومېندا تىنىچلاندۇرۇش دورىسى (CH) گومولوگىيەلىك موتىف ، ئۇنىڭدىن كېيىن تارقىلىشچان دائىرە (TMD) 60 ، 62.CH دائىرە ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشىنى ۋاسىتە قىلىدىغانلىقى 60.LRR بىلەن CH دائىرە ئارىسىدىكى تەخمىنەن 300 خىل ئامىنو كىسلاتاسى بىر قەدەر ئاسان ، ئەمما تەرتىپسىز.تەرتىپسىز رايونلارنىڭ ئاقسىل-ئاقسىل تورى ۋە قان تومۇر تىرانسپورتىنىڭ ۋاسىتىچىسى بولۇش سۈپىتىگە ئاساسەن ، كۆپىنچە ئاقسىللارنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشىنىڭ قالايمىقان رايونلاردا بولىدىغانلىقىنى بايقىدۇق.MDN1 بىلەن بولغان ئۆز-ئارا تەسىر LRR1 ، LRR6 ، CH ساھەلىرى ۋە ئىختىيارى رايونلارنى ئۆز ئىچىگە ئالغان ئاقسىلنىڭ ئۇزۇنلۇقىغا تارقالغان ، H2B بولسا ئاساسلىقى CH ساھەسىگە باغلانغان (6A ، B رەسىم).دىققەت قىلىشقا ئەرزىيدىغىنى ، ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ ھېچقايسىسى TMJ نى ئۆز ئىچىگە ئالمىغان بولۇپ ، CLMS ئۇسۇلىنىڭ كونكرېتلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ (6A ، B رەسىم).
MDN1 يەنە HLA-A ئاقسىل تورىنىڭ بىر قىسمى دەپ بېكىتىلدى (6A رەسىم).ئۇ AAA ئاقسىل ئائىلىسىگە تەۋە (ئوخشىمىغان پائالىيەتلەر بىلەن مۇناسىۋەتلىك ATPases).بۇ ئوخشاش N تېرمىنال AAA تور دائىرىسى بولۇپ ، ئالتە تەرەپلىك ھالقا تەشكىللەيدۇ ۋە 60S 64 رىبوسومال تارماق گەۋدىسىدىن قۇراشتۇرۇش ئامىلىنى چىقىرىپ تاشلايدۇ.قارىماققا dynein64,65,66 غا ئوخشايدۇ.ئۇنىڭدىن باشقا ، Asp / Glu مول رايونى MIDAS تور بېكىتى (مېتال ئىئونغا تايىنىدىغان تور بېكەت) دىن كېيىن تۇرىدۇ.MDN1 نىڭ چوڭ-كىچىكلىكى (تەخمىنەن 5600 خىل ئامىنو كىسلاتاسى) ۋە ياخشى تەتقىق قىلىنغان ئاقسىللار بىلەن چەكلىك گومولوگىيە بولغانلىقى ئۈچۈن ، ئۇنىڭ قۇرۇلمىسى ۋە ئىنسانلاردىكى رولى توغرىسىدا ئانچە كۆپ بىلىنمەيدۇ.بىز HLA-A, H2B ۋە LRCH4 نى MDN1 باغلاش شېرىكلىرى دەپ بېكىتتۇق ۋە ئۇلارنىڭ يۆنىلىشىنى PyMol دىكى ئاقسىل مۇرەككەپلىكى دەپ ئاشكارىلىدۇق (6A ، B رەسىم).بۇ ئۈچ خىل ئاقسىل AAA تور بېكىتى ، دىنېينغا ئوخشاش ئۇلىنىش دائىرىسى ۋە MIDAS MDN1 تور دائىرىسى بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدۇ.ئالدىنقى دوكلاتتا ، يەم-خەشەك ئاقسىلىنىڭ يېقىنلىقىنى تازىلاش MDN1 نىڭ گىستون H2B67 بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئاقسىل ئىكەنلىكىنى ئېنىقلاپ چىققان.ئۇندىن باشقا ، يېقىنقى تەتقىقاتتا يەنە MDT بىلەن HLA-B نىڭ HCT116 ھۈجەيرىسىدە ئۆز-ئارا ساپلاشتۇرۇلغان ئاممىۋى سپېكترى ئارقىلىق ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغانلىقى دوكلات قىلىندى.IFNα دا بىر تەرەپ قىلىنغان ئەۋرىشكىلەردە بۇ مۇرەككەپ ماددىنىڭ ئېنىقلىنىشى MDN1 نىڭ ئارىلاپ سىگنال بېرىشتىكى رولىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
HLA گېنى كۆپ شەكىللىك بولغاچقا ، بىز Flo-1 ھۈجەيرىسىنىڭ RNA تەرتىپ سانلىق مەلۇماتلىرىدىن HLA-A, -B ۋە -C خەرىتىسىنى سىزىپ چىقتۇق (سانلىق مەلۇماتلار كۆرسىتىلمىدى).پېپتىد تەرتىپى تەرتىپلىك ئوقۇش بىلەن بىردەك بولۇپ ، HLA-A غا ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك پېپتىدلار جايلاشقان رايونلاردىكى HLA-A, -B ۋە -C ئوتتۇرىسىدىكى كۆرۈنەرلىك پەرقنى ئاشكارىلىدى (S3 رەسىم).ئۇنىڭدىن باشقا ، بىز HLA-B / C مولېكۇلاسىنىڭ H2B / HMGA1 / MDN1 / LRCH4 ئاقسىلى بىلەن ئاقسىلنىڭ ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا باغلىنىشىنى كۆزىتمىدۇق.بۇ HLA-A ، MDN1 ، LRCH1 ۋە HMGA1 ئارىسىدا بايقالغان ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشى HLA-A نىڭ كونكرېت ئىكەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.بۇنىڭدىن باشقا ، ئۆز-ئارا ئۇلانمىغان ئەۋرىشكەلەرنىڭ ئاقسىل ئانالىزىدا (S4 جەدۋەل) HLA-A ياكى HLA-C غا سېلىشتۇرغاندا HLA-A نىڭ رەت تەرتىپىنىڭ يۇقىرى ئىكەنلىكى كۆرسىتىلدى.HLA-A ئۈچۈن ئېنىقلانغان پېپتىدلارنىڭ IFNα دا بىر تەرەپ قىلىنغان ۋە بىر تەرەپ قىلىنمىغان ئەۋرىشكىدە كۈچلۈكلۈك دەرىجىسى يۇقىرى.
بۇ يەردە ئېنىقلانغان ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ يېقىن ئارىلىقتىكى ئىككى خىل ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا باغلىنىشىدىن بولماسلىقىغا كاپالەتلىك قىلىش ئۈچۈن ، بىز بىرلىكتە ئىممۇنىتېتقا قارشى تۇرۇش دورىسى قىلىش ئارقىلىق ئىككى يېڭى HLA-A ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان ئامىلنى جەزملەشتۈردۇق.HLA-A نىڭ ئۆزلۈكىدىن MDN1 ۋە H2B بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشى IFNα دا بىر تەرەپ قىلىنغان ۋە بىر تەرەپ قىلىنمىغان Flo-1 ھۈجەيرىسىدە بايقالغان (7-رەسىم ، S4 رەسىم).بىز HLA-A نىڭ ئىممۇنىتېت كۈچىدە H2B تەرىپىدىن تۇتۇلغانلىقىنى ۋە بۇ بىرلەشمىنىڭ IFNα داۋالىشىدىن بولغانلىقىنى ، HLA-A نىڭ داۋالانمىغان ھۈجەيرىلەرنىڭ ئىممۇنىتېت كەمتۈك ئەۋرىشكىسىدە يوقلىقىنى جەزملەشتۈردۇق (7A رەسىم).قانداقلا بولمىسۇن ، بىزنىڭ سانلىق مەلۇماتلىرىمىز IFNα نىڭ H2B ۋە MDN1 بىلەن HLA-A باغلىنىشىنى پەرقلىق تەڭشەيدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.IFNα H2B بىلەن HLA-A ئوتتۇرىسىدا مۇناسىۋەت ئورنىتىدۇ ، ئەمما MDN1 بىلەن بولغان ئالاقىسىنى ئازايتىدۇ.بىز MDN1 نىڭ كونترولدىكى HLA-A بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئىكەنلىكىنى بايقىدۇق ، IFNα نىڭ قوشۇلۇشى IFNα تەرىپىدىن MDN1 كىرگۈزۈشتىن مۇستەقىل ھالدا بۇ ئۆز-ئارا تەسىرنى ئازايتتى (7B ، C رەسىم).بۇنىڭدىن باشقا ، HLA-A ئىممۇنىتېت كۈچى A549 ھۈجەيرىسىدە H2B نى قولغا چۈشۈردى (S4 رەسىم) ، بۇ ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ ھۈجەيرە تىپىدىن مۇستەقىل ئىكەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.يىغىپ ئېيتقاندا ، بۇ نەتىجىلەر HLA-A نىڭ H2B ۋە MDN1 بىلەن ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشىنى قوللايدۇ.
HLA-A H2B ۋە MDN1 نى ئورتاق ساپلاشتۇرىدۇ.ۋەكىل خاراكتېرلىك ئىچكى مەنبەلىك H2B (A) ۋە MDN1 (B) ئىممۇنىتېت سىستېمىسى IFNα دا ئىشلىتىلگەن Flo-1 ھۈجەيرىسىدىن ئىممۇنىتېتسىزلاندۇرۇلدى ۋە كۆرسىتىلگەن ئانتىتېلا تەكشۈرۈلدى.چاشقان ۋە توشقان IgG سەلبىي كونترول سۈپىتىدە ئىشلىتىلگەن.(3) ئوخشىمىغان ئانتىگېنلارنىڭ نىسپىي مىقدارى (كىرگۈزۈش) كۆرسىتىلگەن ئانتىتېلاغا قارشى تەكشۈرۈلگەن ئىممۇنىتېت سىستېمىسى تەرىپىدىن تەسۋىرلەنگەن ، act- ئاتىن يۈكنى كونترول قىلىش ئورنىدا ئىشلىتىلگەن.
H2B-HLA-A-HMGA1 ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقارغان يۇقىرى ئىشەنچلىك ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك تورنىڭ قۇرۇلما خۇسۇسىيىتى تەكشۈرۈلدى.بىز مولېكۇلا دىنامىكىلىق مودېلنى باشقا ئۇسۇل سۈپىتىدە ئىشلىتىپ ، بۇ مۇرەككەپ ئاقسىلنىڭ ماسلىشىشچان ھەرىكەتچانلىقىنى چۈشەندۇق (8-رەسىم).CLMS سانلىق مەلۇماتلىرىنىڭ يەكۈنلىرى H2B ، HLA-A ۋە HMGA1 ئاقسىلىنىڭ ئوخشىمىغان ماسلىشىش ئېھتىماللىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.شۇڭلاشقا ، تۆۋەندىكى يوشۇرۇن مۇرەككەپ ماددىلار ئېرىشچان ۋاسىتە قىلىنغان: H2B-HLA-A, HMGA1-HLA-A ۋە H2B-HLA-A-HMGA1.MOE (مولېكۇلا مەشغۇلات مۇھىتى ؛ خىمىيىلىك ھېسابلاش گورۇھى شىركىتى ، مونترېئال ، كانادا كۋېبېك ، كانادا) بوغچىسىدىن پايدىلىنىپ دەسلەپكى ئاقسىل-ئاقسىل ئۇلاش ئېكرانى بۇ ئاقسىللار بىلەن ئوخشىمايدىغان ماسلىشىشنى ئوتتۇرىغا قويدى (8A رەسىم).توختىتىلغان ئاقسىلنىڭ مۇرەككەپلىكىنى تەسۋىرلەش بىر قانچە ئۆز-ئارا تەسىر ۋە ماسلىشىشچانلىقىنى ئاشكارىلىدى (5A ، 8-رەسىم).شۇڭا ، 8A رەسىمدە (بىر-بىرىگە ئۇلانغان بەلگە قويۇلغان) مۇمكىن بولغان بىر خىل ئۆزگىرىش كۆرسىتىلدى ھەمدە MD مودېل تۇرۇبىسى ئارقىلىق تېخىمۇ باھالاندى.بۇنىڭدىن باشقا ، H2B ياكى HMGA1 نى HLA-A بىلەن باغلاش H2B نىڭ HLA-A غا بولغان يېقىنلىقىنى گەۋدىلەندۈرىدۇ (8A رەسىم).
H2B (H2BFS) -HLA-A ، HMGA1-HLA-A ۋە H2B-HLA-A-HMGA1 ئارىسىدىكى مۇرەككەپ تورلارنىڭ ماسلىشىشچانلىقى.(A) سول تەرەپ بولسا 2D خەرىتىسى (SIM-XL يۇمشاق دېتالىدا ھاسىل قىلىنغان) ئىچكى ئاجراتما (قىزىل) ۋە ئارىلىق ئارىلىقى (كۆك) ھالقىسى (ھالقىسى كېسىش 3.5 قىلىپ بېكىتىلگەن).بۇنىڭدىن باشقا ، ئېنىقلانغان ئۆز-ئارا ئۇلىنىش قالدۇقلىرى H2B ، HLA-A ۋە HMGA1 ئاقسىلىنىڭ قۇرۇلمىسىغا بەلگە قويۇلغان.بۇ ئاقسىللارنىڭ مۇناسىۋەتلىك ماسلىشىشچانلىقى MOE بولىقىدا يولغا قويۇلغان ئۇلاش تۇرۇبىسى ئارقىلىق ئېلىنغان.سول تەرەپ سول تەرەپتە H2B-HLA-A ۋە HMGA1-HLA-A نىڭ ئوخشىمىغان ئاقسىل-ئاقسىل باغلاشچانلىقى بار (GBVI / WSA dG; kcal / مول) ھەر خىل ماسلىشىشچانلىقى كۆرسىتىلدى.(2) ھەر بىر ئاقسىل قۇرۇلمىسى ئۈچۈن ئاتوم ئورنى (ھىدروگېن ئاتومىنى ئۆز ئىچىگە ئالمايدۇ) نىڭ ئۆلچەملىك ئايلىنىشى (RMSD)..H زايوم ئىئانە قىلغۇچى قوبۇل قىلغۇچىنىڭ كېسىش ئارىلىقى 3.5 Å قىلىپ بېكىتىلدى ، ئىئانە قىلغۇچى H قوبۇل قىلغۇچىنىڭ كېسىش بۇلۇڭى ° 160 ° - 180 ° قىلىپ بېكىتىلدى..ئاقسىل قۇرۇلمىسى 100 ns MDS نىڭ ئوتتۇرىچە قۇرۇلمىسىنى كۆرسىتىدۇ.(E) HLA-A-H2B بىلەن HLA-A-HMGA1 يۈرۈشلۈكلىرىنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشى H2B-HLA تەقلىد قىلىش ئارقىلىق ئىككى پېپتىد ئارىسىدىكى K ياكى S ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان تور بېكەتنى ئاساس قىلغان H2B-HLA تەقلىد قىلىش ئارقىلىق 100 دىن ئارتۇق.مۇرەككەپ / HMGA1-HLA-A / H2B-HLA-A-HMGA1.ھالقىما ئۇلىنىشنى باھالاشنىڭ بوسۇغىسى قىممىتى 3.0 قىلىپ بېكىتىلدى ، MDS نىڭ ns 10 ns ئالغان كونكرېت ئۆز-ئارا تەسىرلىرى نەزەرگە ئېلىندى.BIOVIA بايقاش ستۇدىيىسى (Dassault Systèmes ، BIOVIA Corp.
ۋاقىتنىڭ ئۆتۈشىگە ئەگىشىپ HLA-A مولېكۇلاسىنىڭ مۇقىملىقى (ئۆلچەملىك ياتلىشىش ؛ RMSD ياكى ئۆلچەملىك ياتلىشىش ؛ RMSF) شۇنى كۆرسىتىپ بېرىدۇكى ، مۇرەككەپ ماددىلاردا H2B ياكى HMGA1 ئاقسىلىنىڭ بولۇشى HLA-A نى مۇقىملاشتۇردى (8B رەسىم ، S5 رەسىم).HMGA1 ئاقسىلى HLA-A نىڭ B2M بېكىتى بىلەن مەھكەم باغلىنىپ ، HLA-A-HMGA1 ياكى H2B-HLA-A-HMGA1 مۇرەككەپلىكىدىكى HLA-A ئامىنو كىسلاتاسىنىڭ مۇقىملىقىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدۇ (8B رەسىم ، S5 رەسىم).بولۇپمۇ HLA قالدۇقلىرى ~ 60-90 ۋە ~ 180-210 غىچە H2B (FIG. 8B) نىڭ ئالدىدا جانلىق ئەمەسلىكى بايقالدى.H2B ۋە HMGA1 پەقەت H2B-HLA-A-HMGA1 گۇرۇپپىسىدىكى HLA-A بىلەن H2B ياكى HMGA1 نىڭ باغلىنىشىغا سېلىشتۇرغاندا تېخىمۇ ياخشى باغلىنىشنى كۆرسەتتى (8C رەسىم ، D ؛ جەدۋەل S5).ھىدروگېن باغلاشقا قاتناشقان قالدۇق ماددىلار (MD مودېللىق يۇقىرى ئورۇن ئىگىلەش نىسبىتى ns 10 ns) مۇرەككەپ بولغان CLMS ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان ئورۇنلار (K ياكى S قالدۇقلىرى) بىلەن بىردەك بولۇپ ، CLMS تەرىپىدىن ئېنىقلانغان ئۆز-ئارا تەسىرنىڭ ناھايىتى ئىشەنچلىك ئىكەنلىكىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.ئىشەنچلىك (رەسىم 8E).CLMS ۋە MD مودېلىدا ، HLA-A قالدۇقلىرى تەخمىنەن 190-210 دىن 200-220 گىچە بولغان ئامىنو كىسلاتانىڭ ئايرىم-ئايرىم ھالدا H2B ۋە HMGA1 نى باغلايدىغانلىقى بايقالدى (FIG. 8E).
ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشى ھەرىكەتچان قۇرۇلما تورىنى شەكىللەندۈرىدۇ.نۇرغۇنلىغان ئاقسىل ئۇسۇللىرى ئاقسىلنىڭ ئومۇمىي مۇقىم ھالەتتىكى ئۆزگىرىشىنى بايقىيالايدىغان بولغاچقا ، ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۈچى باغلىنىشچان كۆرۈنۈشنى تۇتۇش ئۈچۈن قوشۇمچە قوراللارنى تەلەپ قىلىدۇ ، CLMS دەل مۇشۇ قوراللارنىڭ بىرى.ئىنتېرفېرون سىگنال سىستېمىسى بىر خىل سىتوكېن تورى بولۇپ ، ھۈجەيرىلەر بىر قاتار مۇھىت كېسەللىكلىرىنى كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان ۋە ئىچكى كېسەللىكلەر سىگنالىغا ئىنكاس قايتۇرىدۇ ، بۇ ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان ئاقسىلنىڭ تارماق قىسمىنىڭ كىرگۈزۈلۈشى بىلەن ئاخىرلىشىدۇ.بىز CLMS ئارقىلىق يېڭى ئاقسىل بىلەن ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشىنى ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان ئاقسىللار گۇرۇپپىسىدا پەرقلەندۈرگىلى بولىدىغان-بولمايدىغانلىقىنى ئېنىقلىدۇق.ئىنتېرفېرونغا ئىنكاس قايتۇرىدىغان Flo-1 ھۈجەيرە مودېلىدىكى يەرشارىدىكى ئاقسىل ئۆز-ئارا ئۇلىنىش ئانالىزى ئاقسىل توپلىمىنى تۇتۇشتا قوللىنىلدى.ئۆز-ئارا ئۇلانمىغان ۋە ئۆز-ئارا ئۇلانغان ھۈجەيرىلەردىن تىرىپتىك پېپتىدلارنى ئېلىش پېپتىدلارنى ساناش ، يولنى بېيىتىش ۋە ئېنىقلانغان LFQ كۈچلۈكلۈك بىلەن پېپتىد ئۇزۇنلۇقىنى تارقىتىشقا يول قويىدۇ.Canonical interferon-inducible ئاقسىللىرى ئاكتىپ ئىچكى كونترول دەپ بېكىتىلدى ، شۇنىڭ بىلەن بىر ۋاقىتتا ، MX1 ، UP18 ، OAS3 ۋە STAT1 قاتارلىق قانون ئارىلىقىدىكى ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا ئۇلىنىشى ۋە ئومۇرتقا ئارىلىقتىكى ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك خۇرۇچلار بايقالدى.ئىقتىدار ساھەسىدىكى ھەر خىل قۇرۇلما ئالاھىدىلىكى ۋە ئۆز-ئارا تەسىرلىرى تەكشۈرۈلدى.
IFNα بىلەن بىر تەرەپ قىلىنغان ۋە بىر تەرەپ قىلىنمىغان Flo-1 ۋە A549 ھۈجەيرىسىدىكى ئىممۇنىتېت يوقىتىش ئارقىلىق HLA-A, MDN1 ۋە H2B نىڭ ئۆز-ئارا تەسىر قىلىشى بايقالدى.بىزنىڭ نەتىجىلىرىمىز IFNα غا تايىنىش شەكلىدە H2B بىلەن HLA-A نىڭ مۇرەككەپلىكىنى گەۋدىلەندۈردى.بىزنىڭ خىزمىتىمىز بۇ ئىككى مۇرەككەپ رايوننى ئورتاق يەرلىكلەشتۈرۈش ئۈستىدە يەنىمۇ ئىزدىنىشنىڭ قىزىقارلىق يولىغا ۋەكىللىك قىلىدۇ.CLMS ئۇسۇلىنى ھۈجەيرە لىنىيىسى گۇرۇپپىسىغا كېڭەيتىپ ، ھۈجەيرە تىپىدىكى مۇستەقىل ئىنتېرفېرون ئارقىلىق ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىشىنى پەرقلەندۈرۈشمۇ قىزىقارلىق ئىش.ئاخىرىدا ، بىز MD مودېلنى باشقا ئۇسۇل سۈپىتىدە ئىشلىتىپ ، H2BFS-HLA-A-HMGA1 سىستېمىسىغا قاتناشقان ئاقسىلنىڭ ماسلىشىشچان ھەرىكەتچانلىقىنى چۈشىنىپ يەتتۇق.CLMS سانلىق مەلۇماتلىرىنىڭ يەكۈنلىرى H2BFS ، HLA-A ۋە HMGA1 ئاقسىلىنىڭ ئوخشىمىغان ماسلىشىش ئېھتىماللىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.بۇ خىل ئاقسىل ئاقسىللىرى ئارىسىدىكى ئوخشىمىغان ماسلىشىشلار CLMS سانلىق مەلۇمات ئامبىرىدا كۆرۈلگەنگە ئوخشاش بىر قانچە ئۆز-ئارا تەسىرنى ئاشكارىلىدى.ئۇسۇلىمىزنىڭ ئاساسلىق ئارتۇقچىلىقى شۇكى ، ئۇ HLA غا ئوخشاش ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان يۇقىرى كۆپ ئىقتىدارلىق گېنلارنى ئاسان پەرقلەندۈرۈشكە شارائىت ھازىرلاپ بېرىدۇ ، شۇڭا ئۆگىنىش قىيىن بولغان HLA گېپلوپ تىپىدىكى ئاقسىلنىڭ ئۆز-ئارا تەسىرلىرىنى تەتقىق قىلىش قىزىقارلىق بولىدۇ.يىغىپ ئېيتقاندا ، سانلىق مەلۇماتلىرىمىز CLMS ئارقىلىق ئىنتېرفېرون كەلتۈرۈپ چىقىرىدىغان سىگنال تورىغا بولغان تونۇشىمىزنى كېڭەيتىپ ، ئۆسمە مىكرو مۇھىتتىكى تېخىمۇ مۇرەككەپ ھۈجەيرە ھۈجەيرىسىنى تەتقىق قىلىشقا ئاساس بىلەن تەمىنلەيدىغانلىقىنى كۆرسىتىپ بېرىدۇ.
Flo-1 ھۈجەيرىسى ATCC دىن ئېلىنغان ۋە DMEM (Gibco) دا ساقلانغان بولۇپ ،% 1 پېنىتسىللىن / سترېپتومىيسىن (Invitrogen) ،% 10 تۆرەلمە كالا قان زەردابى (Gibco) تولۇقلانغان ۋە 37 سېلسىيە گرادۇس ۋە% 5 لىك CO2 دا ساقلانغان.Incubation.ھۈجەيرىلەر IFNα14 (ئېدىنبۇرگ ئاقسىل ئىشلەپچىقىرىش ئەسلىھەلىرى ئىشلەپچىقارغان) بىلەن داۋالاشتىن ئىلگىرى% 70-% 80 تۇتاشتۇرۇلغان.باشقا بارلىق خىمىيىلىك ماددىلار ۋە رېئاكتورلار سىگما ئالدرىچتىن سېتىۋېلىندى.
Flo-1 ھۈجەيرىلىرى 6 قۇدۇق تەخسىسىدە يېتىشتۈرۈلگەن بولۇپ ، ئەتىسى ھۈجەيرىلەر 10 ng / ml IFNα14 بىلەن 24 سائەت ئەتراپىدا تەخمىنەن% 80 تۇتاشتۇرۇلغان.ھۈجەيرىلەر PBS بىلەن ئۈچ قېتىم يۇيۇلۇپ ، يېڭىدىن تەييارلانغان DSS (تېرمو فىشېر ئىلمىي) (DMSO دا ئېرىتىلگەن) بىلەن PBS دا 5 مىنۇت 37 سېلسىيە گرادۇسقىچە ئەڭ ئاخىرقى قويۇقلۇقى 0.5 مىللىمېتىر.DSS ئۆز-ئارا ئۇلىنىش ئىنكاسى PBS بىلەن ئالماشتۇرۇلدى ، قالدۇق DSS 37 سېلسىيە گرادۇسلۇق 15 مىنۇتتا PBS غا 20MM Tris (pH 8.0) قوشۇش ئارقىلىق ئۆچۈرۈلدى.ھۈجەيرىلەر قىرىش ئارقىلىق يىغىۋېلىندى ۋە تۆۋەن باغلىنىشلىق تۇرۇبا (ئوكسىگېن) غا يىغىلدى.
ھۈجەيرە پوستىغا 300 µl ئۇرېيە لىمزىسى بۇففېر (8 M ئۇرېيە ، 0.1 M Tris ، pH 8.5) بىلەن 30 مىنۇت ئۆي تېمپېراتۇرىسىدا ئاندا-ساندا سىلكىش ئارقىلىق لايلاندى.بارلىق مەركەزدىن قاچۇرۇش باسقۇچلىرى ° C8 تا 14000 xg دە ئېلىپ بېرىلدى.لىتىينى 10 مىنۇت مەركەزلەشتۈرۈپ ، خاسىيەتلىك ئادەمنى يېڭى تۇرۇبىغا يۆتكەڭ.قالغان سۈزۈك زەررىچىلەر ئىككىنچى لىز بۇففېر (2 M ئۇرېيە ،% 2 (w / v) SDS (ناترىي دودسىل سۇلفات)) نىڭ 150 مىللىمېتىردا ئېرىتىپ ، ئوخشاش سۇ ئېرىتمىسى ئېرىشكۈچە 30 مىنۇت ياكى ئۇنىڭدىنمۇ كۆپرەك ئېرىتىلگەن.لىزات 20 مىنۇت مەركەزلەشتۈرۈلۈپ ، خاسىيەتلىك ماددا ئالدىنقى باسقۇچتا ئېرىشكەن لىزات بىلەن ئارىلاشتۇرۇلدى.ئىشلەپچىقارغۇچىلارنىڭ مىكرو تىپلىق تەرتىپكە سېلىش كۆرسەتمىسى بويىچە ئاقسىل قويۇقلۇقى Micro BCA تەكشۈرۈشى (Thermo Fisher Scientific) ئارقىلىق باھالانغان.ئەۋرىشكەلەر سۇيۇق ئازوتتا تېز مۇزلاپ ، -80 سېلسىيە گرادۇستا ساقلانغان.
تەخمىنەن 100 mgg ئېرىيدىغان ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئاقسىل Wisniewski قاتارلىقلار تەسۋىرلىگەندەك ئۆزگەرتىلگەن سۈزۈش ئەۋرىشكىسى تەييارلاش كېلىشىمنامىسى (FASP) ئارقىلىق بىر تەرەپ قىلىنغان.69 قىسقىچە قىلىپ ئېيتقاندا ، ئاقسىل 200 µl ئۇرېيە بۇففېر (0.1 M Tris دىكى 8 M ئۇرېيە ، pH 8.5) بىلەن ئۆز-ئارا ئۇلىنىدۇ.بارلىق مەركەزدىن قاچۇرۇش باسقۇچلىرى 25 سېلسىيە گرادۇستا 14000 xg دە ئېلىپ بېرىلدى.ئۆز-ئارا ئۇلانغان ئاقسىل لىماتنىڭ ئالدىنقى يېرىمى Ultracel-10 پەردىسى (مېرك) قاچىلانغان 10 kDa Microcon مەركەزدىن قاچۇرۇش سۈزگۈچ ئۈسكۈنىسىگە يۆتكەلدى ، ئاندىن سۈزگۈچتە 25 مىنۇت مەركەزلەشتۈرۈلدى.ئاندىن ئاقسىلنىڭ كېيىنكى يېرىمىنى سۈزۈپ ، ئوخشاش باسقۇچلارنى تەكرارلاڭ.ئاقسىلنىڭ ئەسلىگە كېلىشى ئۇرېيە بۇففېرغا 17 مىللىمېتىر ترىس (2 كاربون ئوكسىد) فوسفىن گىدروخلورىد (TCEP) دىن 100 مىللىمېتىر قوشۇش ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى.ئەسلىگە كەلتۈرۈش تېمپېراتۇرىسى 600 rpm دە 30 مىنۇت 37 سېلسىيە گرادۇستا 30 مىنۇت داۋاملاشتى.ئۇنىڭدىن باشقا ، بۇ ئىستون مەركەزگە مەركەزلەشتۈرۈلۈپ ، كېمىيىپ كەتكەن ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئاقسىل ئۇرېيە بۇففېردىكى 50 mM يودوكېتامىدنىڭ 100 مىللىمېتىردىن پايدىلىنىپ ئالكېللانغان.ئىشقار ئىنكاسى قاراڭغۇدا ئۆي تېمپېراتۇرىسىدا 20 مىنۇت ئېلىپ بېرىلدى.تۈۋرۈكنى ئايلاندۇرۇپ ، تۈۋرۈك تاملىرىنى 100 µl ئۇرېيە بۇففېر بىلەن 3 قېتىم يۇيۇڭ ، ئاندىن مەركەزدىن قاچۇرۇڭ.ئوخشاش مەشغۇلات 100 مىللىمېتىر ئاممونىي ئىككى كاربوناتتىن 100 مىللىمېتىر ئىشلىتىپ 3 قېتىم ئېلىپ بېرىلدى.سىناپ بېقىشتىن بۇرۇن ، يىغىش تۇرۇبىسىنى يېڭىسىغا ئالماشتۇرۇڭ.تەركىبىدە 50MM ئاممونىي ئىككى كاربونات ۋە ترىپسىن بۇففېر (Promega) دا سۇيۇلدۇرۇلغان 1 µl تىرىپسىن بار ھەزىم قىلىش ئۇففىرىنى قوشۇڭ.ترىپسىننىڭ ئاقسىل بىلەن بولغان نىسبىتى تەخمىنەن 1:33 ئەتراپىدا ساقلانغان ، ھەزىم قىلىش رېئاكسىيەسى بىر كېچىدىلا نەم ئۆيدە ° C 37 قا چىققان.ئۆز-ئارا ئۇلانغان پېپتىد سۈزگۈچتىن 25 مىنۇت مەركەزلەشتۈرۈپ چىقىرىۋېتىلدى.پېپتىدنىڭ ئەسلىگە كېلىشى سۈزگۈچكە 0.5 M NaCl نىڭ 50 مىللىمېتىر قوشۇش ئارقىلىق ، 25 مىنۇت مەركەزدىن قاچۇرۇش ئارقىلىق ياخشىلاندى.
C18 Micro Spin تۈۋرۈكى (Harvard Apparatus) Bouchal et al.70 تەسۋىرلىگەن كېلىشىمگە ئاساسەن ئۆز-ئارا ئۇلانغان تىرىپتىك پېپتىدلارنى تۇزسىزلاشتۇرۇشقا ئىشلىتىلگەن.قىسقىچە قىلىپ ئېيتقاندا ، C18 ئايلانما تۈۋرۈكى ئاتسېتىنىترىل (AcN) (مېرك) دىكى% 0.1 لىك فورما كىسلاتا (FA) دىن ئۈچ يۇيۇش ۋە% 0.1 لىك FA نى يۇيۇش ئارقىلىق قوزغىتىلدى.بۇ ئىستون% 0.1 FA بىلەن 15 مىنۇت سۇ تولۇقلاندى.ئەۋرىشكە تۈۋرۈكىگە يۈكلەپ ،% 0.1 لىك FA بىلەن 3 قېتىم يۇيۇڭ.تۇزسىزلانغان پېپتىدلار% 0.1 FA دىكى% 50 ،% 80 ۋە% 100 AcN ئارقىلىق باسقۇچلۇق تەدرىجىي تەدرىجىي يۇقىرى كۆتۈرۈلدى.ئەۋرىشكەلەر SpeedVac Plus قويۇقلۇقى (Eppendorf) دا قۇرۇق سۇيۇقلۇق پۈتۈنلەي يوقاپ كەتكۈچە قۇرۇتۇلدى.چىقىرىۋېتىلگەن پېپتىدلار% 2.5 لىك AcN دىكى% 0.08 لىك ترىفلوئوروئىك كىسلاتانىڭ 100 مىللىمېتىردا ئېرىپ ، قويۇقلۇقى NanoDrop 2000 (تېرمو ئىلمىي) دە ئۆلچەنگەن.ھەر بىر ئەۋرىشكە تەخمىنەن 1 mgg ئۆز-ئارا ئۇلانغان پېپتىد LC-MS / MS سىستېمىسىغا ئوكۇل قىلىندى.
ئۆز-ئارا ئۇلانغان پېپتىدلار Orbitrap Exploris 480 ئاممىۋى سپېكترى (تېرمو ئىلمى) غا ئۇلانغان UltiMate 3000 RSLCnano LC سىستېمىسىدا (تېرمو ئىلمىي) ئايرىلدى.ئۆز-ئارا ئۇلانغان پېپتىدلار 300 µm ID ، ئۇزۇنلۇقى 5 مىللىمېتىر µ ئالدىنقى ستون C18 تۇتۇش ئىستونىغا C18 PepMap100 sorbent ۋە 5 µm PepMap sorbent (تېرمو ئىلمىي) قاچىلانغان.پومپىنىڭ ئېقىمىنى 5 µl / min قىلىپ% 0.08 لىك ترىفلوئوروئىك كىسلاتا% 2.5 AcN دا ئېرىتىڭ.ئۆز-ئارا ئۇلانغان پېپتىدلار ئانالىز قىلىنغان بىرىكتۈرۈلگەن سىلىتسىيلىق تۈۋرۈككە ئايرىلدى ، ئىچكى دىئامېتىرى 75 مىللىمېتىر ، ئۇزۇنلۇقى 150 مىللىمېتىر ، 2 مىللىمېتىرلىق PepMap sorbent (تېرمو ئىلمىي).كۆچمە باسقۇچلار A ۋە B ئايرىم-ئايرىم ھالدا سۇدا% 0.1 ، ئاتسېتىنىترىلدا% 0.1 FA دىن تەركىب تاپقان.گىرادۇس% 2.5 B دىن باشلىنىپ ، 90 مىنۇت ئىچىدە سىزىقلىق ھالدا% 40 B گە ئۆرلەيدۇ ، كېيىنكى 2 مىنۇتتا% 90 B غا يېتىدۇ.كۆچمە فازا تەركىبى% 90 B دە 10 مىنۇت ساقلانغان ، ئاندىن 2 مىنۇت ئىچىدە تۈز تۆۋەنلەپ% 2.5 B گە تۆۋەنلىگەن.بۇ ئىستون كېيىنكى ئايلىنىشتىن 8 مىنۇت بۇرۇن% 2.5 B دە تەڭپۇڭلاشتۇرۇلغان.ئانالىز تۈۋرۈكىدىن چىقىرىۋېتىلگەن ئۆز-ئارا ئۇلانغان پېپتىدلار نانو ئېلېكتىروسپاي ئىئونلاشتۇرۇش (NSI) مەنبەسىدە ئىئونلانغان ۋە Exploris 480 ئاممىۋى سپېكترى (تېرمو ئىلمىي) گە ئوكۇل قىلىنغان.
Orbitrap Exploris 480 ئاممىۋى سپېكترى ئاكتىپ سانلىق مەلۇمات باغلىنىش ھالىتىدە مەشغۇلات قىلدى.بۆلەك شەكلىدە m / z 350 Th دىن m / z 2000 Th غىچە بولغان ئارىلىقتىكى ئېنىقلىق دەرىجىسى 120،000 ئېنىقلىقتا تولۇق سىكانىرلاش ئېلىپ بېرىلدى.نورماللاشقان AGC نىشانى% 300 قىلىپ بېكىتىلدى ، ئەڭ يۇقىرى كىرگۈزۈش ۋاقتى 50ms.پېپتىدلار ئۈچۈن مونوزوپتىك چوققا بايقاش قۇرۇلدى.چەكلىمىلىك بوشاشتۇرۇش پارامېتىرى بەك ئاز ئالدىنقىلار تېپىلسا توغرا بولىدۇ.ئالدىنقىلارنىڭ ئەڭ تۆۋەن ئىئون كۈچى 5.0e3 قىلىپ بېكىتىلدى ، سىناققا +8 گىچە بولغان ئالدىن توك قاچىلاش ھالىتى كىرگۈزۈلدى.
سانلىق مەلۇمات باغلىنىش ھالىتىدىكى ئاساسلىق سىكانىرلاشنىڭ دەۋرىيلىك ۋاقتى 2.5 سېكۇنت قىلىپ بېكىتىلدى.ھەرىكەتچان تۈركۈملەپ چىقىرىۋېتىش ئالدى ئىئوننىڭ تۇنجى پارچىلىنىشىدىن كېيىن 20 s قىلىپ بېكىتىلدى.ئالدىنئالا ئايرىلىش كۆزنىكى 2 Th قىلىپ تەڭشەلدى.مۇقىم سوقۇلۇش ئېنېرگىيە ھالىتى بىلەن نورمال سوقۇلۇش ئېنېرگىيىسى تىپى سانلىق مەلۇماتقا تايىنىدىغان MS / MS سايىلىمىدا تاللاندى.سوقۇلۇش ئېنېرگىيىسى% 30 قىلىپ بېكىتىلدى.Orbitrap ئېنىقلىق دەرىجىسى 15000 ، AGC نىشانى% 100 قىلىپ بېكىتىلدى.ئىختىيارىي ئوكۇل سېلىش ۋاقتى 60 مىللىمېتىرغا تەڭشەلدى.
ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئەۋرىشكىلەردىكى ئاقسىل-ئاقسىل تورىنى ئىز قوغلاشتىن بۇرۇن ، بىز خام ماتېرىياللارنى MaxQuant بولىقى (1.6.12.0 نەشرى) 26,27 ئارقىلىق پىششىقلاپ ئىشلەپ ، ئەۋرىشكە تەركىبىدىكى پېپتىد / ئاقسىلنى ئېنىقلىدۇق.ئۇنىڭدىن باشقا ، IFNα بىلەن بىر تەرەپ قىلىنمىغان Flo-1 ئەۋرىشكىسىدە مۇشۇنىڭغا ئوخشاش ئاقسىل ئانالىزى ئېلىپ بېرىلدى.MS / MS سانلىق مەلۇماتلىرى ئىچىگە ئورۇنلاشتۇرۇلغان ئىزدەش ماتورى Andromeda27 ئارقىلىق UniProt ئادەم سانلىق مەلۇمات ئامبىرىدا (www.uniprot.org) ئىزدەلدى (2020-يىلى 8-ئاينىڭ 12-كۈنى يوللانغان ، 75 مىڭ 93 پارچە مەزمۇن بار).بۇ ئىزدەش ئېنزىمنىڭ كونكرېتلىقى ۋە ھەرخىل ئۆزگەرتىش (N, Q) ۋە ئوكسىدلىنىش (M) نى كۆرسەتمەي تۇرۇپ ئېلىپ بېرىلدى.ئالدىنقىلارنىڭ كەڭ قورساقلىقى كەچ سائەت 20 دە ، مەھسۇلات ئىئونى 0.02 Da قىلىپ بېكىتىلدى.دەسلەپكى ۋە ئەڭ چوڭ ماسسىسى 10 ppm قىلىپ بېكىتىلدى.پېپتىدنىڭ ئەڭ چوڭ ماسسىسى 4600 Da قىلىپ تەڭشەلدى ، تەرتىپنىڭ ئوخشاشلىقى 7 دىن 25 كىچە بولغان ئامىنو كىسلاتاسى (aa) ئارىسىدا بېكىتىلدى.يەنىمۇ ئىلگىرىلىگەن ھالدا ستاتىستىكىلىق تەھلىل Perseus پروگراممىسى (1.6.10.45 نەشرى) ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى.ئاقسىلنىڭ مىقدارى ئاقسىلنىڭ سپېكترى كۈچلۈكلىكىنى نورماللاشتۇرۇش ئارقىلىق ھېسابلىنىدۇ (LFQ كۈچلۈكلۈك دەرىجىسى ؛ بەلگە قويۇلمىغان مىقدار) 27 ۋە كۈچلۈكلۈك قىممىتى Log2 غا ئۆزگەرتىلدى.ئۇلارنىڭ پېپتىدنىڭ كۈچلۈكلۈكى بىلەن ئېنىقلانغان ئاقسىللارنىڭ قاتلاملىق توپلىنىشى R (v 4.1.2) دىكى pheatmap (v1.0.12) بولىقى ئارقىلىق ياسالغان.يولنى بېيىتىش ئانالىزى IFNα دا بىر تەرەپ قىلىنغان ئاقسىلنىڭ رېئاكتىپ يول سانلىق مەلۇمات ئامبىرىدىن پايدىلىنىپ ئېلىپ بېرىلغان بولۇپ ، بىر تەرەپ قىلىنمىغان ئەۋرىشكە بىلەن سېلىشتۇرغاندا تۆت ھەسسە ئاكتىپلانغان.
LC-MS / MS نازارەت قىلغان ئاقسىلنىڭ لىزېن (K) ياكى سېرېن (S) ئالاھىدە خىمىيىلىك ئۇلىنىشىنى پەرقلەندۈرۈش ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك پېپتىدلار (SIM-XL) 29 سپېكتروسكوپ پەرقلەندۈرۈش ماشىنىسى (SIM-XL) ئارقىلىق ئېلىپ بېرىلدى.ئالدى بىلەن ، Padariya ۋە باشقىلاردا تەسۋىرلەنگەن IRDS ئاقسىل سانلىق مەلۇمات ئامبىرى ئارقىلىق interferon بىلەن مۇناسىۋەتلىك (IFN) DNA بۇزۇلۇشىغا قارشى تۇرۇش ئىمزاسى (IRDS) گېنى ئوتتۇرىسىدىكى ئۆز-ئارا تەسىرلەر تەكشۈرۈلدى.پۈتكۈل ئىنسانلارنىڭ UniProt نىڭ بارلىق شەرتلىرى ۋە تەكرارلىنىشىنى تەكشۈرۈش ھېسابلاش جەھەتتە كۈچلۈك بولىدۇ ، شۇڭا پۈتكۈل UniProt سانلىق مەلۇمات ئامبىرى (www.uniprot.org) (2020-يىلى 8-ئاينىڭ 12-كۈنى چۈشۈرۈلگەن ، 75 مىڭ 93 پارچە مەزمۇن بار) IFNα دا بىر تەرەپ قىلىنغان تەكرارلىنىشقا قارشى.يۇقىرى ئىشەنچ ئۆز-ئارا تەسىر كۆرسىتىدىغان سۈزگۈچلەرنىڭ بىرى.ئېرىشكەن بۇ يۇقىرى ئەھمىيەتلىك ئۆز-ئارا تەسىرلەر بارلىق تەكرارلاش ۋە شارائىتتا كېڭەيتىلدى ۋە سىناق قىلىندى.
SIM-XL دە ، DSS ئۆز-ئارا ئۇلىنىش (XL) ئۈچۈن ئىشلىتىلگەن ، XL ئېغىرلىق ئۆزگەرتىش ۋە ئۆزگەرتىش ئېغىرلىقى ئايرىم-ئايرىم ھالدا 138.06 ۋە 156.07 قىلىپ بېكىتىلگەن.تۆۋەندىكى ئۆز-ئارا مۇناسىۋەتلىك ئىنكاس تور بېكەتلىرى كۆزدە تۇتۇلىدۇ: KK ، KS ۋە KN-TERM ، مۇخبىر ئىئونى يوق.ئالدىنئالا ۋە پارچە ppm ھەر ئىككىسى 20 گە ، Xrea بوسۇغىسى 0.15 قىلىپ بېكىتىلدى.تىرىپسىن پۈتۈنلەي كونكرېت دەپ قارىلىپ ، يۇقىرى ئېنېرگىيىلىك C توزاق (HCD) پارچىلىنىش ئۇسۇلى يولغا قويۇلدى.XCorr ھەرىكەتچان DB ئازايتىش چېكى ۋە ھەرىكەتچان DB نى ئازايتىشتىكى ئەڭ تۆۋەن پېپتىد سانى ئايرىم-ئايرىم ھالدا 2.5 ۋە 2 قىلىپ بېكىتىلدى.باشقا پارامېتىرلىرى بولسا: يەككە ئايلىنىش ئېھتىماللىقى ۋە چوققا تاسادىپىيلىق كېسىش ، ھەر بىر تالنىڭ ئەڭ تۆۋەن 4 AA قالدۇقى ۋە ئەڭ چوڭ تال توك زەربىسى ، ھەمدە ئەڭ كۆپ بولغاندا 3 قېتىم ئايرىلىدۇ.نەتىجىدە تىكىلگەن 2D خەرىتە (SIM-XL) دا ئانالىز قىلىنغان ۋە xQuest28 گرافىكلىق ئىپادىلەش 2D خەرىتىسىنى ياساشقا ئىشلىتىلگەن.ئاقسىل قۇرۇلمىسىدىكى ئاقسىل ھالقىسى PyMol (PyMOL مولېكۇلا گرافىك سىستېمىسى ، 2.0 نەشرى Schrödinger, LLC) دا تەمىنلەنگەن.
ئاقسىل مودېل قۇرۇلمىسى Phyre2 مۇلازىمېتىرى (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2)11 ئارقىلىق گومولوگىيەلىك مودېل ۋە «يوشۇرۇن ماركوۋ ئۇسۇلى» نى يولغا قويۇش پرىنسىپىدىن پايدىلىنىپ ياسالغان.Phyre2 داڭلىق ئاقسىل قۇرۇلمىلىرى بىلەن تەرتىپ بويىچە ماسلىشىش ئاساسىدا مودېل قۇرۇلمىسىنى ھاسىل قىلىدۇ.H2BFS ، HLA-A ، HMGA1 ، LRCH4 ۋە MDN1 ئاقسىلى ئۈچۈن قېلىپ قۇرۇلمىسى 1kx552 ، 1kj349 ، 2eze55 ، 6hlu62 ۋە 6i2665 ئىشلىتىلگەن.بۇنىڭدىن باشقا ، AlphaFold71 MX1 ، UBP18 ۋە ROBO1 نىڭ قۇرۇلمىسىمۇ ئويلاشقان.ئاقسىل قۇرۇلمىسى BIOVIA بايقاش ستۇدىيىسى Visualizer بولىقى (Dassault Systèmes, BIOVIA, San Diego, CA, USA) ۋە مولېكۇلا مەشغۇلات مۇھىتى بولىقى (MOE; خىمىيىلىك ھېسابلاش گورۇھى ، كانادا مونترېئال ، كۋېبېك) ئارقىلىق تەسۋىرلەنگەن.